Kort tid etter kroningen hans måtte Coloman møte problemer som hærene fra det første korstoget forårsaket mens de gikk gjennom Ungarn.I flere tiår hadde Ungarn vært i stand til å forsyne et betydelig antall vesteuropeiske pilegrimer med mat under reisen til Det hellige land, men bevegelsen av titusenvis av korsfarere over hele landet satte de innfødtes livsopphold i fare.Den første gruppen av korsfarere, ledet av Walter Sans Avoir, nådde grensen tidlig i mai 1096. Coloman tok imot dem på en vennlig måte og lot dem komme inn i kongeriket.Han ga dem også tillatelse til å kjøpe mat på markedene, selv om innhøstingen ikke hadde startet ennå.De fortsatte gjennom Ungarn uten store konflikter.De neste ankomstene, ledet av Eremitten Peter, ankom i slutten av mai eller begynnelsen av juni.Coloman tillot dem å komme inn i Ungarn først etter at Peter lovet at han ville forhindre dem i å plyndre landsbygda.I følge Guibert av Nogents opptegnelser kunne ikke Peter holde løftet sitt: korsfarerne "brente de offentlige kornmagasinene ..., voldtok jomfruer, vanæret mange ekteskapssenger ved å bære bort mange kvinner", selv om "ungarerne, som kristne til kristne, hadde sjenerøst tilbudt alt for salg" til dem.Et tredje band med korsfarere nådde Nyitra (Nitra, Slovakia) og begynte å plyndre regionen.Disse ble snart rutet av lokalbefolkningen.En fjerde armé kom til Moson i midten av juni.Coloman tillot dem ikke å forlate regionen, enten fordi han hadde fått vite om deres plagsomme oppførsel under reisen, eller han hadde innsett at deres bevegelse over Ungarn kunne sette stabiliteten til den lokale økonomien i fare.For å gripe mat og vin foretok korsfarerne hyppige plyndringsangrep mot de nærliggende bosetningene.Coloman bestemte seg for å angripe dem, men sjefene for hæren overbeviste ham om å overtale korsfarerne til å overgi våpnene og pengene sine, og lovet dem at de ville bli forsynt med mat under reisen.Etter at korsfarerne ble avvæpnet, angrep og massakrerte Colomans tropper dem nær Pannonhalma i begynnelsen av juli.