Etter Inkaimperiets fall ble mange aspekter av inkakulturen systematisk ødelagt, inkludert deres sofistikerte jordbrukssystem, kjent som den vertikale skjærgårdsmodellen for jordbruk.Spanske koloniale embetsmenn brukte arbeidssystemet Inca mita corvée for koloniale formål, noen ganger brutalt.Ett medlem av hver familie ble tvunget til å jobbe i gull- og sølvgruvene, hvorav den fremste var den titaniske sølvgruven ved Potosí.Når et familiemedlem døde, noe som vanligvis ville skje innen et år eller to, ble familien pålagt å sende en erstatning.Effektene av kopper på Inka-imperiet var enda mer ødeleggende.Fra og med Colombia spredte kopper seg raskt før de spanske inntrengerne først ankom imperiet.Spredningen ble sannsynligvis hjulpet av det effektive Inca-veisystemet.Kopper var bare den første epidemien.Andre sykdommer, inkludert et sannsynlig Tyfus-utbrudd i 1546, influensa og kopper sammen i 1558, kopper igjen i 1589, difteri i 1614 og meslinger i 1618, alle herjet inkafolket.Det ville være periodiske forsøk fra urfolksledere på å fordrive de spanske kolonistene og gjenopprette Inkariket til slutten av 1700-tallet.