Atahualpa tilbødspanjolene nok gull til å fylle rommet han var fengslet i og dobbelt så mye sølv.Inkaene oppfylte denne løsepengene, men Pizarro lurte dem og nektet å løslate inkaene etterpå.Under Atahualpas fengsling ble Huáscar myrdet andre steder.Spanjolene fastholdt at dette var på Atahualpas ordre;dette ble brukt som en av anklagene mot Atahualpa da spanjolene til slutt henrettet ham, i august 1533. I samsvar med hans anmodning ble han henrettet ved å kvele med en garrote den 26. juli 1533. Klærne hans og noe av huden hans ble brent, og hans levninger ble gitt en kristen begravelse.