På begynnelsen av det 21. århundre sto Singapore overfor flere betydelige utfordringer, særlig SARS-utbruddet i 2003 og den økende trusselen om terrorisme.I 2001 ble et alarmerende komplott rettet mot ambassader og nøkkelinfrastruktur hindret, noe som førte til arrestasjonen av 15 medlemmer av Jemaah Islamiyah.Denne hendelsen ansporet til innføringen av omfattende terrorbekjempelsestiltak rettet mot oppdagelse, forebygging og skaderedusering.Samtidig forble landets økonomi relativt stabil, med den gjennomsnittlige månedlige husholdningsinntekten i 2003 rapportert til SGD $ 4.870.I 2004 gikk Lee Hsien Loong, Lee Kuan Yews eldste sønn, opp til stillingen som Singapores tredje statsminister.Under hans ledelse ble flere transformative nasjonale politikker foreslått og implementert.Spesielt ble varigheten av opplæringen i nasjonal tjeneste forkortet fra to og et halvt år til to i 2005. Regjeringen satte også i gang et "Cutting Red Tape"-program, som aktivt søkte tilbakemeldinger fra innbyggere om en rekke spørsmål, fra juridiske rammer til samfunnsmessige bekymringer.Stortingsvalget i 2006 markerte et betydelig vendepunkt i Singapores politiske landskap, først og fremst på grunn av den enestående innflytelsen fra internett og blogging, som forble uregulert av regjeringen.I et strategisk grep like før valget, delte regjeringen ut en "fremskrittspakke"-kontantbonus til alle voksne borgere, på totalt 2,6 milliarder SGD.Til tross for stor oppslutning på opposisjonsmøter, beholdt det regjerende People's Action Party (PAP) sin høyborg, og sikret 82 av de 84 setene og fikk 66% av stemmene.Singapores forhold til Malaysia etter uavhengighet har vært intrikat, ofte preget av uenigheter, men likevel understreket av gjensidig tillit.Som medlemmer av ASEAN anerkjenner begge nasjoner sine delte regionale interesser.Denne gjensidige avhengigheten fremheves ytterligere av Singapores avhengighet av Malaysia for en betydelig del av vannforsyningen.Mens begge land tidvis har engasjert seg i verbal sparring på grunn av deres divergerende baner etter uavhengighet, har de heldigvis styrt unna alvorlige konflikter eller fiendtligheter.