I 1965, overfor eskalerende spenninger og for å forhindre ytterligere konflikt, foreslo Malaysias statsminister Tunku Abdul Rahman å utvise Singapore fra Malaysia .Denne anbefalingen ble deretter godkjent av det malaysiske parlamentet 9. august 1965, med enstemmig stemme for Singapores separasjon.Samme dag kunngjorde en emosjonell Lee Kuan Yew, Singapores statsminister, bystatens nyvunnede uavhengighet.I motsetning til den populære troen på at Singapore ble ensidig utvist, avslører nyere dokumenter at diskusjoner mellom People's Action Party (PAP) i Singapore og Malaysias allianse hadde pågått siden juli 1964. Lee Kuan Yew og Goh Keng Swee, en senior PAP-leder, orkestrerte separasjonen på en måte som presenterte det som en ugjenkallelig beslutning for offentligheten, med sikte på å gagne både politisk og økonomisk.^[16]Etter separasjonen gjennomgikk Singapore grunnlovsendringer som overførte bystaten til republikken Singapore.Yusof Ishak, tidligere Yang di-Pertuan Negara eller vise-regal representant, ble innsatt som den første presidenten i Singapore.Mens Malaya og britiske Borneo-dollar fortsatte som den lovlige valutaen i en kort periode, ble diskusjoner om en delt valuta mellom Singapore og Malaysia holdt før den eventuelle introduksjonen av Singapore-dollaren i 1967. ^[17] I Malaysia hadde parlamentsplassene tidligere av Singapore ble omfordelt til Malaya, noe som endret maktbalansen og innflytelsen i delstatene Sabah og Sarawak.Beslutningen om å skille Singapore fra Malaysia ble møtt med sterke reaksjoner, spesielt fra ledere i Sabah og Sarawak.Disse lederne uttrykte følelser av svik og frustrasjon over at de ikke ble konsultert under separasjonsprosessen. Sjefminister for Sabah, Fuad Stephens, uttrykte dyp sorg i et brev til Lee Kuan Yew, mens ledere som Ong Kee Hui fra Sarawak United Peoples' Party stilte spørsmål. selve begrunnelsen for Malaysias eksistens etter separasjonen.Til tross for disse bekymringene forsvarte den malaysiske visestatsministeren Abdul Razak Hussein avgjørelsen, og tilskrev hemmeligholdet og det haster med flyttingen til den pågående Indonesia-Malaysia-konfrontasjonen.^[18]