Presidentskapet til Pervez Musharraf fra 1999 til 2007 markerte første gang liberale styrker hadde betydelig makt i Pakistan.Initiativer for økonomisk liberalisering, privatisering og mediefrihet ble introdusert, med Citibank-sjef Shaukat Aziz som tok kontroll over økonomien.Musharrafs regjering ga amnesti til politiske arbeidere fra liberale partier, og satte konservative og venstreorienterte til side.Musharraf utvidet private medier betydelig, med sikte på å motvirke Indias kulturelle innflytelse.Høyesterett beordret stortingsvalg innen oktober 2002, og Musharraf støttet USAs invasjon av Afghanistan i 2001. Spenninger med India om Kashmir førte til en militær standoff i 2002.Musharrafs folkeavstemning i 2002, ansett som kontroversiell, forlenget presidentperioden hans.Ved stortingsvalget i 2002 vant liberale og sentrister flertall og dannet en regjering med Musharrafs støtte.Den 17. endringen av Pakistans grunnlov legitimerte med tilbakevirkende kraft Musharrafs handlinger og utvidet presidentskapet hans.Shaukat Aziz ble statsminister i 2004, med fokus på økonomisk vekst, men møtte motstand for sosiale reformer.Musharraf og Aziz overlevde flere drapsforsøk knyttet til al-Qaida.Internasjonalt svekket påstander om atomspredning deres troverdighet.Innenlandske utfordringer inkluderte konflikter i stammeområder og en våpenhvile med Taliban i 2006, selv om sekterisk vold vedvarte.