I 1999 opplevde Pakistan et blodløst militærkupp ledet av general Pervez Musharraf og militærstaben ved Joint Staff HQ.Den 12. oktober tok de kontrollen fra statsminister Nawaz Sharifs sivile regjering.To dager senere suspenderte Musharraf, som administrerende direktør, kontroversielt Pakistans grunnlov.Kuppet ble drevet av eskalerende spenninger mellom Sharifs administrasjon og militæret, spesielt med general Musharraf.Sharifs forsøk på å erstatte Musharraf med generalløytnant Ziauddin Butt som hærsjef ble møtt med motstand fra høytstående militære tjenestemenn og førte til at Butt ble varetektsfengslet.Kuppets henrettelse gikk raskt.I løpet av 17 timer hadde militære sjefer beslaglagt sentrale statlige institusjoner, og satt Sharif og hans administrasjon, inkludert hans bror, i husarrest.Militæret tok også kontroll over kritisk kommunikasjonsinfrastruktur.Pakistans høyesterett, ledet av sjefsjef Irshad Hassan Khan, validerte krigsloven under en «nødvendighetsdoktrine», men begrenset dens varighet til tre år.Sharif ble prøvd og dømt for å ha satt liv i fare ombord på et fly som fraktet Musharraf, en avgjørelse som utløste kontrovers.I desember 2000 benådet Musharraf uventet Sharif, som deretter fløy til Saudi-Arabia.I 2001 ble Musharraf president etter å ha tvunget president Rafiq Tarar til å trekke seg.En nasjonal folkeavstemning i april 2002, kritisert som uredelig av mange, utvidet Musharrafs styre.Stortingsvalget i 2002 så en retur til demokrati, med Musharrafs PML(Q) som dannet en minoritetsregjering.