Under andre verdenskrig okkuperteItalia under Benito Mussolini Montenegro i 1941 og annekterte til kongeriket Italia området Kotor (Cattaro), hvor det var en liten venetiansktalende befolkning.Dukkeriket Montenegro ble opprettet under fascistisk kontroll mens Krsto Zrnov Popović kom tilbake fra sitt eksil i Roma i 1941 for å forsøke å lede Zelenaši ("Grønt" parti), som støttet gjeninnføringen av det montenegrinske monarkiet.Denne militsen ble kalt Lovćen-brigaden.Montenegro ble herjet av en forferdelig geriljakrig, hovedsakelig etter at Nazi-Tyskland erstattet de beseirede italienerne i september 1943.Under andre verdenskrig, som tilfellet var i mange andre deler av Jugoslavia, var Montenegro involvert i en slags borgerkrig.Foruten Montenegrin Greens, var de to hovedfraksjonene den Chetnik jugoslaviske hæren, som sverget troskap til regjeringen i eksil og besto hovedsakelig av montenegrinere som erklærte seg som serbere (mange av medlemmene var montenegrinske hvite) og jugoslaviske partisaner, hvis mål var opprettelsen av et sosialistisk Jugoslavia etter krigen.Siden begge fraksjonene delte noen likheter i sine mål, spesielt de som var knyttet til et enhetlig Jugoslavia og anti-aksemotstand, slo de to sidene sammen og startet i 1941 opprøret 13. juli, det første organiserte opprøret i det okkuperte Europa.Dette skjedde bare to måneder etter at Jugoslavia kapitulerte og frigjorde det meste av montenegrinsk territorium, men opprørerne klarte ikke å gjenvinne kontrollen over større byer.Etter de mislykkede forsøkene på å frigjøre byene Pljevlja og Kolasin, tok italienerne, forsterket av tyskere, tilbake alt opprørers territorium.På ledernivå førte uenigheter angående statens politikk (sentralistisk monarki vs. føderal sosialistisk republikk) til slutt til en splittelse mellom de to sidene;de ble så fiender derfra.Stadig prøvde begge fraksjonene å få støtte blant befolkningen.Imidlertid mistet tsjetnikene i Montenegro etter hvert støtte blant befolkningen, det samme gjorde andre tsjetnik-fraksjoner i Jugoslavia.Den faktiske lederen av Chetniks i Montenegro, Pavle Djurisic, sammen med andre fremtredende skikkelser av bevegelsen som Dusan Arsovic og Đorđe Lašić, ble holdt ansvarlige for massakrer på muslimsk befolkning i det østlige Bosnia og Sandzak i løpet av 1944. Deres ideologi om et homogent Serbia innen Jugoslavia viste seg å være en stor hindring for å rekruttere liberale, minoriteter og montenegrinere som betraktet Montenegro som en nasjon med sin egen identitet.Disse faktorene, i tillegg til at noen tsjetnikere forhandlet med aksen, førte til at Chetnik jugoslaviske hær mistet støtte blant de allierte i 1943. Samme år kapitulerte Italia, som inntil da hadde ansvaret for den okkuperte sonen. og ble erstattet av Tyskland, og kampene fortsatte.Podgorica ble frigjort av de sosialistiske partisanene 19. desember 1944, og frigjøringskrigen var vunnet.Josip Broz Tito anerkjente Montenegros massive bidrag til krigen mot aksemaktene ved å etablere den som en av de seks republikkene i Jugoslavia.