Under den bosniske krigen og den kroatiske krigen 1991–1995 deltok Montenegro med sine politi- og militærstyrker i angrepene på Dubrovnik, Kroatia og bosniske byer sammen med serbiske tropper, aggressive handlinger rettet mot å erverve flere territorier med makt, preget av et konsistent mønster av grove og systematiske brudd på menneskerettighetene.Den montenegrinske generalen Pavle Strugar har siden blitt dømt for sin del i bombingen av Dubrovnik.Bosniske flyktninger ble arrestert av montenegrinsk politi og fraktet til serbiske leire i Foča, hvor de ble utsatt for systematisk tortur og henrettet.I mai 1992 innførte FN en embargo mot FRJ: Dette påvirket mange aspekter av livet i landet.På grunn av sin gunstige geografiske beliggenhet (tilgang til Adriaterhavet og en vannforbindelse til Albania over Skadarsjøen) ble Montenegro et knutepunkt for smuglervirksomhet.Hele den montenegrinske industriproduksjonen hadde stoppet opp, og republikkens viktigste økonomiske aktivitet ble smugling av brukervarer – spesielt de som var mangelvare som bensin og sigaretter, som begge skjøt i været i pris.Det ble en de facto legalisert praksis og det fortsatte i årevis.I beste fall lukket den montenegrinske regjeringen det blinde øyet til den ulovlige aktiviteten, men stort sett deltok den aktivt i den.Smugling skapte millionærer av alle slags lyssky individer, inkludert høytstående myndighetspersoner.Milo Đukanović fortsetter å møte handlinger i forskjellige italienske domstoler på grunn av sin rolle i utbredt smugling på 1990-tallet og i å gi en trygg havn i Montenegro for forskjellige italienske mafiafigurer som også angivelig deltok i distribusjonskjeden for smugling.