Perak-sultanatet ble etablert på begynnelsen av 1500-tallet ved Perak-elvens bredder av Muzaffar Shah I, den eldste sønnen til Mahmud Shah, den åttende sultanen av Malacca.Etter Malaccas fangst av portugiserne i 1511, søkte Muzaffar Shah tilflukt i Siak, Sumatra, før han besteg tronen i Perak.Hans etablering av Perak-sultanatet ble tilrettelagt av lokale ledere, inkludert Tun Saban.Under det nye sultanatet ble Peraks administrasjon mer organisert, og hentet fra det føydale systemet som ble praktisert i det demokratiske Malacca.Etter hvert som 1500-tallet utviklet seg, ble Perak en viktig kilde til tinnmalm, og tiltrekker seg regionale og internasjonale handelsmenn.Sultanatets oppgang vakte imidlertid oppmerksomheten til det mektige sultanatet Aceh , noe som førte til en periode med spenninger og interaksjoner.Gjennom 1570-årene trakasserte Aceh vedvarende deler av den malaysiske halvøya.På slutten av 1570-tallet var Acehs innflytelse tydelig da Peraks sultan Mansur Shah I på mystisk vis forsvant, noe som ga næring til spekulasjoner om bortføringen hans av acehnesiske styrker.Dette førte til at sultanens familie ble tatt til fange til Sumatra.Som et resultat var Perak kort under acehnisk herredømme da en acehnesisk prins besteg Perak-tronen som sultan Ahmad Tajuddin Shah.Likevel, til tross for Acehs påvirkninger, forble Perak autonom, og motsto kontroll fra både Aceh- og Siameserne.Acehs grep om Perak begynte å avta med det nederlandske østindiske kompaniets (VOC) ankomst på midten av 1600-tallet.Aceh og VOC kjempet om kontroll over Peraks lukrative tinnhandel.I 1653 nådde de et kompromiss, og signerte en traktat som ga nederlenderne eksklusive rettigheter til Peraks tinn.På slutten av 1600-tallet, med nedgangen til Johor-sultanatet, dukket Perak opp som den siste arvingen til den malakanske avstamningen, men den sto overfor interne stridigheter, inkludert en 40 år lang borgerkrig på 1700-tallet over tinninntekter.Denne uroen kulminerte i en traktat fra 1747 med nederlenderne, som anerkjente deres monopol på tinnhandelen.