Nederlandsk Malacca (1641–1825) var den lengste perioden Malacca var under utenlandsk kontroll.Nederlenderne styrte i nesten 183 år med periodisk britisk okkupasjon under Napoleonskrigene (1795–1815).Denne epoken så relativ fred med lite alvorlige avbrudd fra de malaysiske sultanatene på grunn av forståelsen som ble smidt mellom nederlenderne og sultanatet av Johor i 1606. Denne gangen markerte også nedgangen av betydningen av Malacca.Nederlenderne foretrakk Batavia (dagens Jakarta) som deres økonomiske og administrative senter i regionen, og deres grep i Malacca var å forhindre tap av byen til andre europeiske makter og, senere, konkurransen som ville komme med den.På 1600-tallet, da Malacca sluttet å være en viktig havn, ble Johor-sultanatet den dominerende lokale makten i regionen på grunn av åpningen av havnene og alliansen med nederlenderne.