Den siste sultanen fra det malakanske dynastiet, Sultan Mahmud Shah II, var kjent for sin uberegnelige oppførsel, som stort sett gikk ukontrollert etter Bendehara Habibs død og den påfølgende utnevnelsen av Bendahara Abdul Jalil.Denne oppførselen kulminerte med at sultanen beordret henrettelsen av en adeligs gravide kone for en mindre overtredelse.Som gjengjeldelse ble sultanen drept av den fornærmede adelige, og lot tronen stå ledig i 1699. Orang Kayas, rådgivere for sultanen, henvendte seg til Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong fra Muar, som foreslo at Bendahara Abdul Jalil skulle arve tronen.Imidlertid ble arven møtt med en viss misnøye, spesielt fra Orang Laut.I løpet av denne perioden med ustabilitet så to dominerende grupper i Johor - Bugiene og Minangkabau - en mulighet til å utøve makt.Minangkabau introduserte Raja Kecil, en prins som hevdet å være Sultan Mahmud IIs posthume sønn.Med løftet om rikdom og makt, støttet Bugis opprinnelig Raja Kecil.Imidlertid forrådte Raja Kecil dem og kronet seg selv til sultan av Johor uten deres samtykke, noe som førte til at den forrige sultanen Abdul Jalil IV flyktet og til slutt ble myrdet.Som gjengjeldelse slo Bugiene seg sammen med Raja Sulaiman, sønn av Sultan Abdul Jalil IV, noe som førte til Raja Kecils detronisering i 1722. Mens Raja Sulaiman steg opp som Sultan, ble han sterkt påvirket av Bugiene, som faktisk styrte Johor.Gjennom Sultan Sulaiman Badrul Alam Shahs regjeringstid på midten av 1700-tallet utøvde Bugiene betydelig kontroll over Johors administrasjon.Deres innflytelse vokste så betydelig at i 1760 hadde forskjellige Bugis-familier giftet seg inn i Johors kongelige avstamning, noe som ytterligere befestet deres dominans.Under deres ledelse opplevde Johor økonomisk vekst, styrket av integreringen av kinesiske handelsmenn.På slutten av 1700-tallet begynte imidlertid Engkau Muda fra Temenggong-fraksjonen å gjenvinne makten, og la grunnlaget for sultanatets fremtidige velstand under ledelse av Temenggong Abdul Rahman og hans etterkommere.