På slutten av 1000-tallet overtok Khwarazmian-dynastiet kontroll over Irak.Denne perioden med turkisk sekulært styre og det abbasidiske kalifatet ble avsluttet med de mongolske invasjonene på 1200-tallet.^[51] Mongolene, ledet av Djengis Khan, hadde erobret Khwarezmia innen 1221. Imidlertid opplevde Irak en midlertidig utsettelse på grunn av Djengis Khans død i 1227 og påfølgende maktkamper innenfor det mongolske riket.Möngke Khan, fra 1251, gjenopplivet den mongolske ekspansjonen, og da kalifen al-Mustasim nektet mongolske krav, sto Bagdad overfor en beleiring ledet av Hulagu Khan i 1258.Beleiringen av Bagdad, en avgjørende begivenhet i de mongolske erobringene, strakte seg over 13 dager fra 29. januar til 10. februar 1258. Ilkhanatets mongolske styrker, sammen med deres allierte, beleiret, fanget og plyndret til slutt Bagdad, det abbasidiske kalifatets hovedstad på den tiden .Denne beleiringen resulterte i massakren av de fleste av byens innbyggere, potensielt i hundretusener.Omfanget av ødeleggelsen av byens biblioteker og deres verdifulle innhold er fortsatt et tema for debatt blant historikere.De mongolske styrkene henrettet Al-Musta'sim og påførte Bagdad alvorlig avfolking og ødeleggelse.Denne beleiringen markerte symbolsk slutten på den islamske gullalderen, en periode der kalifene hadde utvidet sitt herredømme fra den iberiske halvøy til Sindh.