Etter en lang periode med sikkert romersk styre var Pannonia fra 320-tallet igjen i hyppig krig med de østgermanske og sarmatiske folkene i nord og øst.Både vandalene og goterne marsjerte gjennom provinsen og forårsaket enorme ødeleggelser.^[6] Etter delingen av Romerriket forble Pannonia under det vestromerske riket, selv om distriktet Sirmium faktisk var mer i østens innflytelsessfære.Etter hvert som den latinske befolkningen i provinsen flyktet fra de kontinuerlige barbarangrepene, ^[7] begynte hunniske grupper å dukke opp på kanten av Donau.I 375 e.Kr. begynte de nomadiske hunnerne å invadere Europa fra de østlige steppene, og startet den store migrasjonstiden.I 380 trengte hunnerne inn i dagens Ungarn, og forble en viktig faktor i regionen langt inn på 500-tallet.De pannoniske provinsene led under folkevandringsperioden fra 379 og utover, bosettingen av den allierte Goth-Alan-Hun forårsaket gjentatte alvorlige kriser og ødeleggelser, samtiden beskrev det som en beleiringstilstand, Pannonia ble en invasjonskorridor både i nord og i Sør.Romernes flukt og emigrasjon begynte etter to harde tiår i 401, dette førte også til en resesjon i det sekulære og kirkelige livet.Hun-kontrollen utvidet seg gradvis over Pannonia fra 410, til slutt ratifiserte Romerriket sesjonen av Pannonia ved traktat i 433. Romernes flukt og emigrasjon fra Pannonia fortsatte uten avbrudd frem til invasjonen av Avarene.Hunnerne, som utnyttet goternes avgang, Quadi, et al., skapte et betydelig imperium i 423 med base i Ungarn.I 453 nådde de høyden av sin ekspansjon under den kjente erobreren, Huneren Attila.Imperiet kollapset i 455, da hunnerne ble beseiret av de nærliggende germanske stammene (som Quadi, Gepidi og Sciri).