Spanjolene delte California i to deler, Baja California og Alta California, som provinser i New Spain (Mexico).Baja eller nedre California besto av Baja-halvøya og avsluttet omtrent ved San Diego, California, hvor Alta California startet.De østlige og nordlige grensene til Alta California var svært ubestemte, da spanjolene, til tross for mangel på fysisk tilstedeværelse og bosetninger, hevdet i det vesentlige alt i det som nå er det vestlige USA.Det første permanente oppdraget i Baja California, Misión de Nuestra Señora de Loreto Conchó, ble grunnlagt 15. oktober 1697 av jesuittprest Juan Maria Salvatierra (1648–1717) akkompagnert av en liten båts mannskap og seks soldater.Etter etableringen av misjoner i Alta California etter 1769, behandlet spanjolene Baja California og Alta California, kjent som Las Californias, som en enkelt administrativ enhet med Monterey som hovedstad, og falt under jurisdiksjonen til Viceroyalty of New Spain med base i Mexico By.Nesten alle oppdragene i Baja California ble etablert av medlemmer av jesuittordenen støttet av noen få soldater.Etter en maktstrid mellom Karl III av Spania og jesuittene, ble jesuitthøyskolene stengt og jesuittene ble utvist fra Mexico og Sør-Amerika i 1767 og deportert tilbake til Spania.Etter tvangsutvisningen av jesuittordenen ble de fleste oppdragene overtatt av fransiskanere og senere dominikanske munker.Begge disse gruppene var under mye mer direkte kontroll av det spanske monarkiet.Denne omorganiseringen gjorde at mange oppdrag ble forlatt i Sonora Mexico og Baja California.Bekymringer om inntrengningene av britiske og russiske kjøpmenn i Spanias kolonier i California førte til utvidelsen av fransiskaneroppdragene til Alta California, så vel som presidios.