Da Histiaeus hørte om Miletos fall, ser det ut til at han har utnevnt seg selv til leder for motstanden mot Persia .Han la ut fra Bysants med sin styrke av lesbiske, og seilte til Chios.Chianerne nektet å ta imot ham, så han angrep og ødela restene av Chian-flåten.Forkrøplet av de to nederlagene til sjøs, aksepterte Chianerne deretter Histiaeus' ledelse.Histiaeus samlet nå en stor styrke av jonere og eolere og dro for å beleire Thasos.Imidlertid fikk han da nyheten om at den persiske flåten dro ut fra Milet for å angripe resten av Ionia, så han returnerte raskt til Lesbos.For å mate hæren sin ledet han fôringsekspedisjoner til fastlandet nær Atarneus og Myus.En stor persisk styrke under Harpagus var i området og fanget til slutt opp en fôringsekspedisjon nær Malene.Det påfølgende slaget ble hardt utkjempet, men ble avsluttet med en vellykket persisk kavaleriangrep, som dirigerte den greske linjen.Histiaeus selv overga seg til perserne, og tenkte at han ville være i stand til å overtale seg til en benådning fra Dareios.Imidlertid ble han ført til Artaphernes i stedet, som, fullt klar over Histiaeus' tidligere forræderi, spiddet ham og sendte deretter det balsamerte hodet til Darius.Den persiske flåten og hæren overvintret ved Milet, før de la ut i 493 fvt for å endelig utrydde de siste glørne av opprøret.De angrep og erobret øyene Chios, Lesbos og Tenedos.På hver, laget de et "menneskenett" av tropper og feide over hele øya for å skylle ut eventuelle gjemte opprørere.De flyttet deretter over til fastlandet og fanget hver av de gjenværende byene i Ionia, og søkte på samme måte etter gjenværende opprørere.Selv om byene i Ionia utvilsomt ble harvet i kjølvannet, ser ingen ut til å ha lidd helt skjebnen til Milet.Herodot sier at perserne valgte de kjekkeste guttene fra hver by og kastrerte dem, og valgte de vakreste jentene og sendte dem bort til kongens harem, og brente deretter templene til byene.Selv om dette muligens er sant, overdriver Herodot sannsynligvis også omfanget av ødeleggelse. På noen få år hadde byene mer eller mindre vendt tilbake til det normale, og de var i stand til å utstyre en stor flåte for den andre persiske invasjonen av Hellas, bare 13 år. År senere.Den persiske hæren erobret deretter bosetningene på den asiatiske siden av Propontis, mens den persiske flåten seilte opp den europeiske kysten av Hellespont, og tok hver bosetning etter tur.Med hele Lilleasia nå tilbake til persisk styre, var opprøret endelig over.