Shemyaka styrte ineffektivt, klarte ikke å tiltrekke seg allierte, og adelen begynte å hoppe av fra Moskva til Vologda.Vasily klarte også å alliere seg med Kazan-tatarene.På slutten av 1446, da Dmitry Shemyaka var ute i Volokolamsk, gikk hæren til Vasily II inn i Moskva.Vasily begynte deretter å jage Shemyaka.I 1447 ba de om fred, og ble enige om å akseptere Vasilis overlegenhet.Likevel fortsatte Dmitry Shemyaka motstanden, og prøvde å tiltrekke seg de allierte og samle en stor nok hær til å kjempe mot Vasily.I 1448 startet Vasily militæraksjon, som for det meste inkluderte nordlige land opp til Veliky Ustyug og fortsatte med noen avbrudd til 1452, da Shemyaka til slutt ble beseiret og flyktet til Novgorod.I 1453 ble han forgiftet der etter en direkte ordre fra Vasily.Deretter klarte Vasily å fjerne alle lokale prinser som tidligere støttet Shemyaka.Fyrstedømmet Mozhaysk og Serpukhov ble gjort til en del av storhertugdømmet Moskva.