Nikephoros kom i konflikt med keiser Michael i 1078 da han tryglet keiseren om å ta tak i den forverrede situasjonen i bysantinsk Anatolia, og fornærmet Michael med sin åpenhet.For å beskytte seg selv, samlet Nikephoros en hær av innfødte tropper og tyrkiske leiesoldater og erklærte seg selv som keiser i juli eller oktober 1077. Nikephoros samlet en sterk støttebase på grunn av sin militære skarpsindighet og familierykte og ble senere anerkjent av det bysantinske senatet 7. januar 1078, hvoretter han grep tronen ved hjelp av innbyggerne i Konstantinopel.Som keiser møtte Nikephoros en rekke opprør, inkludert de fra Nikephoros Bryennios, Nikephoros Basilakes og Constantine Doukas, samt et attentatforsøk av Varangian Guard .Nikephoros omfavnet en keisers pynt, utførte mange handlinger for å øke hans legitimitet og støtte, som å bruke store beløp på donasjoner til hæren og hans støttespillere, ettergi all gjeld på etterskudd og iverksette mindre juridiske reformer.Diplomatisk sikret Nikephoros underkastelsen til Theodore Gabras og Philaretos Brachamios, guvernører i henholdsvis Trebizond og Antiokia, som de facto hadde blitt uavhengige av det bysantinske riket på grunn av de konstante inngrepene fra Seljuks i bysantinsk Anatolia.