Normanniske hertug Robert Guiscard av Apulia forberedte seg på å invadere det bysantinske riket i 1081 under påskudd av å forsvare arven etter Constantine Doukas, som hadde vært forlovet med Roberts datter Helena;samtidig erobret Seljuks byen Cyzicus.Alexios ble betrodd en betydelig hær for å beseire den normanniske trusselen, men konspirerte med sin slektning John Doukas om i stedet å ta tronen for seg selv.Alexios reiste et opprør mot Nikephoros og var i stand til raskt å omringe Konstantinopel og sette det til beleiring på grunn av mangelen på en defensiv hær.Nikeophoros var ikke i stand til å sikre støtte fra verken Seljuk-tyrkerne eller Nikephoros Melissenos, hans tradisjonelle rivaler, og ble derfor tvunget til å forberede seg på å abdisere.Nikephoros bestemte at hans eneste valg var å abdisere til fordel for Melissenos, som var i nærheten i Damalis i Anatolia, og sendte bud til ham over Bosporos;disse budbringerne ble imidlertid fanget opp av George Palaiologos, en general av Alexios, som overtalte dem til å støtte Alexios.Alexios og hans styrker brøt gjennom murene i Konstantinopel 1. april 1081 og plyndret byen;Patriark Cosmas overbeviste Nikephoros om å abdisere til Alexios i stedet for å forlenge borgerkrigen.Nikephoros flyktet deretter til Hagia Sophia og søkte et fristed inne i den.Michael, logoeten til Alexios, eskorterte deretter Nikephoros til klosteret Peribleptus, hvor han abdiserte og ble munk.Han døde senere samme år.