Toen Kearny met zijn troepen naar Californië vertrok, liet hij kolonel Sterling Price achter met het bevel over de Amerikaanse troepen in New Mexico. Hij benoemde Charles Bent tot de eerste territoriale gouverneur van New Mexico. Een kwestie die belangrijker was dan de kwetsende dagelijkse beledigingen was dat veel Nieuw-Mexicaanse burgers vreesden dat hun landtitels, uitgegeven door de Mexicaanse regering, niet door de Verenigde Staten zouden worden erkend. Ze waren bang dat Amerikaanse sympathisanten ten koste van hen zouden floreren. Na het vertrek van Kearny beraamden andersdenkenden in Santa Fe een kerstopstand. Toen de plannen door de Amerikaanse autoriteiten werden ontdekt, stelden de andersdenkenden de opstand uit. Ze trokken talloze Indiaanse bondgenoten aan, waaronder Pueblo-volkeren, die ook de Amerikanen uit het gebied wilden verdrijven.
Voorlopige gouverneur Charles Bent en verschillende andere Amerikanen werden gedood door de rebellen. In twee korte campagnes onderdrukten Amerikaanse troepen en milities de opstand van de Hispano- en Pueblo-bevolking. De Nieuwe Mexicanen, op zoek naar een betere vertegenwoordiging, hergroepeerden zich en vochten nog drie gevechten, maar nadat ze waren verslagen, gaven ze de openlijke oorlogvoering op. De haat tegen de Nieuwe Mexicanen tegen het Amerikaanse bezettingsleger, gecombineerd met de vaak uitgeoefende opstandigheid van de inwoners van Taos tegen het gezag dat hen van elders werd opgelegd, waren de oorzaken van de opstand. In de nasleep van de opstand executeerden de Amerikanen minstens 28 rebellen. Het Verdrag van Guadalupe Hidalgo uit 1850 garandeerde de eigendomsrechten van de Spaanstalige en Indiaanse inwoners van New Mexico.