De nederlagen van Mexico bij Palo Alto en Resaca de la Palma vormden de weg vrij voor de terugkeer van Santa Anna, die bij het uitbreken van de oorlog in ballingschap was in Cuba. Hij schreef aan de regering in Mexico-Stad en verklaarde dat hij niet wilde terugkeren naar het presidentschap, maar dat hij graag uit ballingschap in Cuba zou willen komen om zijn militaire ervaring te gebruiken om Texas terug te winnen voor Mexico. President Farías werd tot wanhoop gedreven. Hij accepteerde het aanbod en liet Santa Anna terugkeren. Zonder dat Farías het wist, had Santa Anna in het geheim contact gehad met Amerikaanse vertegenwoordigers om de verkoop van al het betwiste gebied aan de VS tegen een redelijke prijs te bespreken, op voorwaarde dat hij via de Amerikaanse zeeblokkades terug naar Mexico zou worden toegelaten. Polk stuurde zijn eigen vertegenwoordiger naar Cuba, Alexander Slidell MacKenzie, om rechtstreeks met Santa Anna te onderhandelen. De onderhandelingen waren geheim en er zijn geen schriftelijke verslagen van de bijeenkomsten, maar er kwam wel enig begrip uit de bijeenkomsten naar voren. Polk vroeg het Congres om 2 miljoen dollar, te gebruiken bij de onderhandelingen over een verdrag met Mexico. De VS stonden toe dat Santa Anna terugkeerde naar Mexico, waardoor de zeeblokkade aan de Golfkust werd opgeheven. In Mexico ontkende Santa Anna echter alle kennis van een ontmoeting met de Amerikaanse vertegenwoordiger of van aanbiedingen of transacties. In plaats van Polk's bondgenoot te zijn, stak hij al het geld dat hem werd gegeven in zijn zak en begon de verdediging van Mexico te plannen. De Amerikanen waren ontzet, inclusief generaal Scott, omdat dit een onverwacht resultaat was. "Santa Anna verheugde zich over de naïviteit van zijn vijanden: 'De Verenigde Staten werden misleid door te geloven dat ik in staat zou zijn mijn moederland te verraden.'" Santa Anna vermeed betrokken te raken bij de politiek en wijdde zich aan de militaire verdediging van Mexico. Terwijl politici probeerden het bestuurskader terug te brengen naar een federale republiek, vertrok Santa Anna naar het front om het verloren noordelijke grondgebied te heroveren. Hoewel Santa Anna in 1846 tot president werd gekozen, weigerde hij te regeren en liet hij dat aan zijn vice-president over, terwijl hij probeerde in contact te komen met Taylor's troepen. Met de herstelde federale republiek weigerden sommige staten de nationale militaire campagne te steunen onder leiding van Santa Anna, die de afgelopen tien jaar rechtstreeks met hen had gevochten. Santa Anna drong er bij vice-president Gómez Farías op aan om als dictator op te treden om de mannen en het materieel te bemachtigen die nodig zijn voor de oorlog. Gómez Farías dwong een lening af van de katholieke kerk, maar het geld was niet op tijd beschikbaar om het leger van Santa Anna te ondersteunen.