Vóór de oprichting van het Sultanaat Maguindanao was, volgens de annalen van de Yuan-dynastie, Nanhai Zhi (in het jaar 1304), een staatsbestel dat bekend staat als Wenduling zijn voorgangerstaat.Deze Wenduling werd binnengevallen door het toenmalige hindoeïstische Brunei, genaamd Pon-i (het huidige Sultanaat van Brunei), totdat het in opstand kwam tegen Pon-i na de invasie van Pon-i door het Majapahit-rijk.De islamisering vond daarna plaats.Ten eerste leefden twee broers genaamd Mamalu en Tabunaway vreedzaam in de Cotabato-vallei op Mindanao en vervolgens Shariff Mohammed Kabungsuwan van Johor in het huidige
Maleisië , predikte de islam in het gebied in de 16e eeuw, Tabunaway bekeerde zich, terwijl Mamalu besloot vast te houden aan hun voorouderlijke animistische overtuigingen.De broers gingen uit elkaar, waarbij Tabunaway naar de laaglanden ging en Mamalu naar de bergen, maar ze beloofden hun verwantschap te eren, en zo werd via de twee broers een ongeschreven vredespact tussen moslims en de inheemse volkeren gesloten.Toen Shariff Kabungsuwan aan het einde van de 16e eeuw de islam introduceerde in het gebied, dat eerder door de hindoes werd beïnvloed vanaf de Srivijaya-tijd, en zichzelf vestigde als sultan, zittend in Malabang-Lanao.Het Maguindanao-sultanaat had ook een nauwe alliantie met het Ternate-sultanaat, een sultanaat in de Molukken-regio van
Indonesië .Ternate stuurde tijdens de Spaans-Moro-oorlogen regelmatig militaire versterkingen naar Maguindanao.Tijdens de Spaanse koloniale periode was het Sultanaat Maguindanao in staat zijn grondgebied te verdedigen, waardoor de Spanjaarden ervan weerhielden heel Mindanao te koloniseren en het eiland Palawan in 1705 aan de Spaanse regering af te staan. De priorij van het eiland werd aan hem afgestaan door Sulu Sultan Sahabuddin.Dit was bedoeld om de Spaanse invasie van het eiland Maguindanao en Sulu zelf te helpen afschrikken.Chinese gongs, geel als koninklijke kleur, en idiomen van Chinese oorsprong kwamen de Mindanao-cultuur binnen.Royalty was verbonden met geel.De kleur geel werd gebruikt door de sultan in Mindanao.Chinees serviesgoed en gongs werden naar de Moros geëxporteerd.