De transportschepen waren teruggevaren naar Frankrijk, maar de gevechtsvloot bleef en ondersteunde het leger langs de kust.De Britse vloot onder bevel van Horatio Nelson zocht al weken tevergeefs naar de Franse vloot.De Britse vloot had het niet op tijd gevonden om de landingen in
Egypte te voorkomen, maar op 1 augustus ontdekte Nelson dat de Franse oorlogsschepen voor anker lagen in een sterke defensieve positie in de baai van Abukir.De Fransen geloofden dat ze slechts aan één kant open stonden voor aanvallen, terwijl de andere kant beschermd werd door de kust.Tijdens de Slag om de Nijl slaagde de aankomende Britse vloot onder Horatio Nelson erin de helft van hun schepen tussen het land en de Franse linie te laten glijden, waardoor ze van beide kanten aanvielen.Binnen een paar uur werden 11 van de 13 Franse linieschepen en 2 van de 4 Franse fregatten buitgemaakt of vernietigd;de vier overige schepen vluchtten.Dit frustreerde Bonaparte's doel om de Franse positie in de Middellandse Zee te versterken en plaatste deze in plaats daarvan volledig onder Britse controle.