Kléber voerde onderhandelingen met zowel de Britten als de Ottomanen, met als doel de overblijfselen van de Franse strijdmacht eervol uit
Egypte te evacueren om deel te nemen aan operaties in Europa.Op 23 januari 1800 werd een akkoord (de Conventie van El Arish) gesloten dat een dergelijke terugkeer naar Frankrijk mogelijk maakte, maar het bleek onmogelijk om dit toe te passen vanwege interne meningsverschillen onder de Britten en het aarzelen van de sultan, en dus begon het conflict in Egypte opnieuw.Kléber werd verraden door de Britse admiraal Keith, die de conventie van El Arish niet respecteerde.Daarom hervatte hij de vijandelijkheden, want hij weigerde zich over te geven.De Britten en de Ottomanen waren van mening dat het Armée d'Orient nu te zwak was om zich tegen hen te verzetten, en dus marcheerde Yussuf Pasha naar Caïro, waar de lokale bevolking gehoor gaf aan zijn oproep om in opstand te komen tegen de Franse overheersing.Hoewel hij niet meer dan 10.000 man had, viel Kléber de door de Britten gesteunde Turkse strijdmacht bij Heliopolis aan.Tegen alle verwachtingen in versloegen de zwaar in de minderheid zijnde Fransen het Ottomaanse leger en heroverden Caïro.