De regering-Kennedy bleef zoeken naar manieren om Castro te verdrijven na de invasie van de Varkensbaai en experimenteerde met verschillende manieren om de omverwerping van de Cubaanse regering heimelijk te vergemakkelijken.Er was veel hoop gevestigd op het programma van terroristische aanslagen en andere destabilisatieoperaties, bekend als Operatie Mongoose, bedacht onder de regering-Kennedy in 1961. Chroesjtsjov hoorde van het project in februari 1962 en als reactie hierop werden voorbereidingen getroffen om Sovjet-nucleaire raketten in Cuba te installeren.Gealarmeerd overwoog Kennedy verschillende reacties.Hij reageerde uiteindelijk op de installatie van nucleaire raketten in Cuba met een zeeblokkade en stelde een ultimatum aan de Sovjet-Unie .Chroesjtsjov trok zich terug van een confrontatie en de Sovjet-Unie verwijderde de raketten in ruil voor een openbare Amerikaanse belofte om Cuba niet opnieuw binnen te vallen, evenals een geheime deal om Amerikaanse raketten uit Turkije te verwijderen.Castro gaf later toe dat "ik zou hebben ingestemd met het gebruik van kernwapens. ... we gingen ervan uit dat het toch een nucleaire oorlog zou worden en dat we zouden verdwijnen."De Cubaanse rakettencrisis (oktober-november 1962) bracht de wereld dichter bij een nucleaire oorlog dan ooit tevoren.De nasleep van de crisis leidde tot de eerste pogingen in de nucleaire wapenwedloop op het gebied van nucleaire ontwapening en het verbeteren van de betrekkingen, hoewel de eerste wapenbeheersingsovereenkomst van de Koude Oorlog, het Antarctisch Verdrag, in 1961 in werking was getreden.In 1964 slaagden Chroesjtsjovs Kremlin-collega's erin hem te verdrijven, maar gunden hem een ​​vreedzaam pensioen.Beschuldigd van onbeschoftheid en incompetentie, stelt John Lewis Gaddis dat Chroesjtsjov ook werd gecrediteerd voor het ruïneren van de Sovjet-landbouw, waardoor de wereld op de rand van een nucleaire oorlog kwam, en dat Chroesjtsjov een 'internationale schande' was geworden toen hij toestemming gaf voor de bouw van de Berlijnse muur.