1997 को चुनावमा, कन्जरभेटिभ पार्टीले महत्त्वपूर्ण बहुमत प्राप्त गर्‍यो, उनीहरूलाई प्रधानमन्त्रीको शक्तिमा नियन्त्रण र सन्तुलन कम गर्न संविधान संशोधन गर्न सक्षम बनायो।नवाज शरीफले राष्ट्रपति फारुक लेघारी, अध्यक्ष संयुक्त चीफ अफ स्टाफ कमिटी जनरल जहांगीर करामत, नौसेना प्रमुख एडमिरल फसिह बोखारी र मुख्य न्यायाधीश सज्जाद अली शाह जस्ता प्रमुख व्यक्तित्वहरूबाट संस्थागत चुनौतीहरूको सामना गर्नु परेको थियो।शरीफले यी चुनौतिहरूको सफलतापूर्वक सामना गरे, जसको परिणामस्वरूप चारै जनाले राजीनामा दिए, सर्वोच्च अदालतमा शरीफका समर्थकहरूले आक्रमण गरेपछि मुख्य न्यायाधीश शाहले राजीनामा दिए।सन् १९९८ मा भारतीय आणविक परीक्षण (अपरेसन शक्ति) पछि भारतसँग तनाव बढेको थियो।जवाफमा, शरीफले क्याबिनेट रक्षा समितिको बैठक बोलाए र पछि चगाई पहाडमा पाकिस्तानको आफ्नै परमाणु परीक्षणको आदेश दिए।यो कारबाही, अन्तर्राष्ट्रिय रूपमा निन्दा भए पनि, आन्तरिक रूपमा लोकप्रिय थियो र भारतीय सीमामा सैन्य तत्परता बढाएको थियो।आणविक परीक्षण पछि अन्तर्राष्ट्रिय आलोचनाको लागि शरीफको कडा प्रतिक्रियामा आणविक प्रसारको लागि भारतको निन्दा रजापानमा आणविक हतियारहरूको ऐतिहासिक प्रयोगको लागि संयुक्त राज्य अमेरिकाको आलोचना समावेश छ:विश्वले [भारत] लाई दबाब दिनुको सट्टा ... विनाशकारी बाटो नअपनाउन ... [पाकिस्तान] मा उनको कुनै दोष बिना सबै प्रकारका प्रतिबन्धहरू लगाएको छ...!यदि जापानको आफ्नै आणविक क्षमता भएको भए...उनको नेतृत्वमा, पाकिस्तान सातौं घोषित आणविक हतियार राष्ट्र बन्यो र मुस्लिम संसारमा पहिलो।आणविक विकासको अतिरिक्त, शरीफको सरकारले पाकिस्तान वातावरण संरक्षण एजेन्सी स्थापना गरेर वातावरणीय नीतिहरू लागू गर्यो।भुट्टोको सांस्कृतिक नीतिहरू जारी राख्दै, शरीफले मिडिया नीतिमा अलिकति परिवर्तन गर्दै भारतीय मिडियामा केही पहुँचको अनुमति दिए।