1958 मा, पाकिस्तानको संसदीय प्रणाली मार्शल ल लागू संग समाप्त भयो।निजामती कर्मचारीतन्त्र र प्रशासनमा भएको भ्रष्टाचारप्रति जनताको असन्तुष्टिले जनरल अयुब खानको कार्यलाई समर्थन गर्यो।^[१६] सैन्य सरकारले महत्वपूर्ण भूमि सुधारहरू गर्‍यो र एचएस सुहरावर्दीलाई सार्वजनिक पदबाट वञ्चित गर्दै वैकल्पिक निकाय अयोग्यता आदेश लागू गर्‍यो।खानले "आधारभूत लोकतन्त्र" को परिचय दिए, नयाँ राष्ट्रपति प्रणाली जहाँ 80,000 को निर्वाचन कलेजले राष्ट्रपति चयन गरे र 1962 को संविधान जारी गरे।^[१७] १९६० मा, अयुब खानले सेनाबाट संवैधानिक नागरिक सरकारमा रुपान्तरण गर्दै राष्ट्रिय जनमत संग्रहमा लोकप्रिय समर्थन प्राप्त गरे।^[१६]अयुब खानको अध्यक्षतामा भएको महत्वपूर्ण घटनाक्रममा राजधानीको पूर्वाधारलाई कराँचीबाट इस्लामावादमा सार्नु समावेश थियो।यो युग, "महान दशक" को रूपमा चिनिन्छ, यसको आर्थिक विकास र सांस्कृतिक परिवर्तनहरूका लागि मनाइन्छ, ^[१८] पप संगीत, चलचित्र, र नाटक उद्योगहरूको उदय सहित।अयुब खानले सेन्ट्रल ट्रीटी अर्गनाइजेसन (सेन्टो) र दक्षिणपूर्वी एसिया सन्धि संगठन (SEATO) मा सामेल भएर पाकिस्तानलाई संयुक्त राज्य अमेरिका र पश्चिमी संसारसँग गठबन्धन गरे।निजी क्षेत्र बढ्यो, र देशले शिक्षा, मानव विकास, र विज्ञानमा प्रगति गर्यो, अन्तरिक्ष कार्यक्रम र आणविक उर्जा कार्यक्रम जारी राख्ने सहित।^[१८]तर, १९६० मा भएको U2 जासूस विमानको घटनाले राष्ट्रिय सुरक्षामा सम्झौता गर्दै पाकिस्तानबाट अमेरिकी गोप्य गतिविधिको पर्दाफास गर्‍यो।सोही वर्ष पाकिस्तानले भारतसँगको सम्बन्धलाई सामान्य बनाउन सिन्धु जल सन्धिमा हस्ताक्षर गरेको थियो ।^[१९] चीनसँगको सम्बन्ध सुदृढ भयो, विशेष गरी चीन-भारत युद्ध पछि, जसले १९६३ मा एक सीमा सम्झौताको नेतृत्व गर्‍यो जसले शीत युद्धको गतिशीलतालाई परिवर्तन गर्यो।1964 मा, पाकिस्तानी सशस्त्र सेनाले पश्चिम पाकिस्तानमा एक संदिग्ध प्रो-कम्युनिस्ट विद्रोहलाई दमन गर्‍यो, र 1965 मा, अयुब खानले फातिमा जिन्ना विरुद्धको विवादास्पद राष्ट्रपति चुनावमा कम जित हासिल गरे।