बाइजान्टिन अवधि (३९० CE सुरु) को समयमा, रोमन साम्राज्यको पहिलेको भाग बाइजान्टिन शासन अन्तर्गत इसाई धर्मको प्रभुत्व भएको थियो। ईसाई तीर्थयात्रीहरूको आगमन र बाइबलीय स्थलहरूमा चर्चहरूको निर्माणले यो परिवर्तनलाई तीव्र पारेको थियो।^[१२३] भिक्षुहरूले आफ्नो बस्ती नजिकै मठहरू स्थापना गरेर स्थानीय मूर्तिपूजकहरूलाई रूपान्तरण गर्न भूमिका खेले।^[१२४]प्यालेस्टाइनमा यहूदी समुदायले चौथो शताब्दीमा आफ्नो बहुमतको हैसियत गुमाएर पतनको सामना गर्यो।^[१२५] यहूदीहरूमाथि प्रतिबन्धहरू बढ्यो, जसमा नयाँ पूजा स्थलहरू निर्माण गर्न, सार्वजनिक कार्यालय राख्ने, र ईसाई दासहरूको स्वामित्वमा प्रतिबन्धहरू समावेश थिए।^[१२६] नासी कार्यालय र सेन्हेड्रिन सहित यहूदी नेतृत्व, 425 मा विघटन भएको थियो, बेबिलोनियाको यहूदी केन्द्र त्यसपछि प्रमुखतामा बढ्यो।^[१२३]5 औं र 6 औं शताब्दीले बाइजान्टिन शासन विरुद्ध सामरी विद्रोहहरू देखे, जसलाई दबाइयो, सामरी प्रभावलाई घटाउँदै र ईसाई प्रभुत्वलाई बलियो बनाइयो।^[१२७] यस अवधिमा यहूदी र सामरीहरूले ईसाई धर्ममा परिवर्तन गर्ने रेकर्डहरू सीमित छन् र प्रायः समुदायको सट्टा व्यक्तिहरूसँग सम्बन्धित छन्।^[१२८]611 मा, यहूदी सेनाको सहयोगमा ससानिद पर्सियाका खोस्रो द्वितीयले यरूशलेममा आक्रमण गरी कब्जा गरे।^[१२९] कब्जामा "ट्रु क्रस" को जब्ती समावेश थियो।नेहेम्याह बेन हुशिललाई यरूशलेमको राज्यपाल नियुक्त गरियो।628 मा, बाइजान्टिनहरूसँग शान्ति सन्धि पछि, काभाड द्वितीयले प्यालेस्टाइन र ट्रु क्रस बाइजान्टिनहरूलाई फिर्ता गरे।यसले हेराक्लियसद्वारा गालील र यरूशलेममा यहूदीहरूको नरसंहारको नेतृत्व गर्‍यो, जसले यरूशलेममा यहूदीहरूको प्रवेशमा प्रतिबन्धलाई पनि नवीकरण गर्‍यो।^[१३०]