၁၉၉၉ ခုနှစ်တွင် ပါကစ္စတန်သည် ဗိုလ်ချုပ်ကြီး Pervez Musharraf ဦးဆောင်သော သွေးမဲ့စစ်တပ်အာဏာသိမ်းမှုနှင့် ပူးတွဲစစ်ဦးစီးဌာနချုပ်ရှိ စစ်ဘက်ဝန်ထမ်းများကို တွေ့ကြုံခဲ့ရသည်။အောက်တိုဘာလ ၁၂ ရက်နေ့တွင် ၎င်းတို့သည် ဝန်ကြီးချုပ် Nawaz Sharif ၏ အရပ်သားအစိုးရထံမှ ချုပ်ကိုင်ခဲ့သည်။နှစ်ရက်အကြာတွင် အမှုဆောင်အရာရှိချုပ်အဖြစ် မူရှာရက်ဖ်သည် ပါကစ္စတန်ဖွဲ့စည်းပုံအခြေခံဥပဒေကို အငြင်းပွားစွာ ဆိုင်းငံ့ခဲ့သည်။အထူးသဖြင့် ဗိုလ်ချုပ်ကြီး မူရှာရက်ဖ်နှင့် စစ်တပ်အကြား တင်းမာမှုများ တိုးမြင့်လာခြင်းကြောင့် အာဏာသိမ်းရခြင်း ဖြစ်သည်။စစ်ဦးစီးချုပ်အဖြစ် ဗိုလ်ချုပ်ကြီး Ziauddin Butt နေရာတွင် မူရှာရက်ဖ်ကို အစားထိုးရန် Sharif ၏ ကြိုးပမ်းမှုသည် အကြီးတန်း စစ်ဘက်အရာရှိများ၏ ခုခံမှုများကြောင့် Butt ကို ထိန်းသိမ်းခြင်းသို့ ဦးတည်သွားခဲ့သည်။အာဏာသိမ်းမှု၏ ကွပ်မျက်မှုသည် လျင်မြန်သည်။၁၇ နာရီအတွင်း စစ်တပ်အကြီးအကဲများသည် အဓိက အစိုးရအဖွဲ့အစည်းများကို သိမ်းပိုက်ခဲ့ပြီး Sharif နှင့် ၎င်း၏အစ်ကိုအပါအဝင် ၎င်း၏အုပ်ချုပ်ရေးအဖွဲ့အား နေအိမ်အကျယ်ချုပ်ချထားခဲ့သည်။စစ်တပ်သည် အရေးပါသော ဆက်သွယ်ရေးအခြေခံအဆောက်အအုံများကိုလည်း ထိန်းချုပ်ခဲ့သည်။တရားသူကြီးချုပ် Irshad Hassan Khan ဦးဆောင်သော ပါကစ္စတန်တရားရုံးချုပ်သည် စစ်အုပ်ချုပ်ရေးဥပဒေကို “လိုအပ်သောအယူဝါဒ” အရ အတည်ပြုခဲ့သော်လည်း ၎င်း၏ကြာချိန်ကို သုံးနှစ်အထိ ကန့်သတ်ထားသည်။ရှရစ်ဖ်သည် မူရှာရက်ဖ်ကို တင်ဆောင်လာသော လေယာဉ်ပေါ်တွင် အသက်အန္တရာယ်ဖြစ်စေရန် စီရင်ချက်ချခဲ့ပြီး အငြင်းပွားမှုများ ဖြစ်ပွားခဲ့သည်။2000 ခုနှစ် ဒီဇင်ဘာလတွင် မူရှာရက်ဖ်သည် ဆော်ဒီအာရေးဗီးယားသို့ ထွက်ခွာသွားသော ရှာရစ်ဖ်အား မမျှော်လင့်ဘဲ လွတ်ငြိမ်းချမ်းသာခွင့်ပေးခဲ့သည်။၂၀၀၁ ခုနှစ်တွင် မူရှာရက်ဖ်သည် သမ္မတ Rafiq Tarar ရာထူးမှ နုတ်ထွက်ရန် ဖိအားပေးခဲ့ပြီးနောက် သမ္မတဖြစ်လာခဲ့သည်။၂၀၀၂ ခုနှစ် ဧပြီလတွင် ပြုလုပ်သော ပြည်လုံးကျွတ်ဆန္ဒခံယူပွဲ၌ လူအများက လိမ်လည်မှုဟု ဝေဖန်ခံရသော မူရှာရက်ဖ်၏ အုပ်ချုပ်မှုကို သက်တမ်းတိုးခဲ့သည်။Musharraf ၏ PML(Q) သည် လူနည်းစုအစိုးရဖွဲ့ကာ ၂၀၀၂ ခုနှစ် အထွေထွေရွေးကောက်ပွဲတွင် ဒီမိုကရေစီသို့ ပြန်လည်ရောက်ရှိခဲ့သည်။