Orang Burma , yang dipimpin oleh Raja Bayinnaung, menakluki Chiang Mai, memulakan pemerintahan Burma selama 200 tahun ke atas Lan Na.Konflik timbul ke atas negeri-negeri Shan, dengan cita-cita ekspansionis Bayinnaung membawa kepada pencerobohan ke atas Lan Na dari utara.Pada tahun 1558, Mekuti, pemerintah Lan Na, menyerah kalah kepada Burma pada 2 April 1558. ^[17]Semasa Perang Burma– Siam (1563–64), Mekuti memberontak dengan dorongan daripada Setthathirath.Walau bagaimanapun, beliau telah ditangkap oleh tentera Burma pada tahun 1564 dan dibawa ke Pegu, kemudian ibu negara Burma.Bayinnaung melantik Wisutthithewi, seorang diraja Lan Na, sebagai permaisuri Lan Na selepas kematian Mekuti.Kemudian, pada tahun 1579, salah seorang anak lelaki Bayinnaung, Nawrahta Minsaw, ^[18] menjadi raja muda Lan Na.Walaupun Lan Na menikmati beberapa autonomi, orang Burma mengawal ketat buruh dan cukai.Selepas era Bayinnaung, empayarnya hancur.Siam berjaya memberontak (1584–93), membawa kepada pembubaran pengikut Pegu pada 1596–1597.Lan Na, di bawah Nawrahta Minsaw, mengisytiharkan kemerdekaan pada tahun 1596 dan secara ringkas menjadi anak sungai Raja Naresuan Siam pada tahun 1602. Bagaimanapun, kuasa Siam berkurangan selepas kematian Naresuan pada tahun 1605, dan menjelang 1614, ia mempunyai kawalan nominal ke atas Lan Na.Lan Na meminta bantuan daripada Lan Xang daripada Siam apabila Burma kembali.^[19] Selama lebih satu abad selepas 1614, raja-raja vasal keturunan Burma memerintah Lan Na, walaupun Siam cuba untuk menegaskan kawalan pada 1662–1664, yang akhirnya gagal.