Walaupun interregnum yang mengikuti kejatuhan Empayar Pagan berlangsung lebih 250 tahun (1287–1555), bahawa selepas kejatuhan Taungoo Pertama adalah agak singkat.Salah seorang anak lelaki Bayinnaung, Nyaungyan Min, segera memulakan usaha penyatuan semula, berjaya memulihkan kuasa pusat ke atas Burma Hulu dan negeri Shan yang lebih dekat pada tahun 1606. Penggantinya Anaukpetlun mengalahkan Portugis di Thanlyin pada tahun 1613. Dia memulihkan pantai Tanintharyi atas ke Dawei dan Lan Na dari Siam menjelang 1614. Beliau juga menawan negeri-negeri trans-Salween Shan (Kengtung dan Sipsongpanna) pada 1622–26.Saudaranya Thalun membina semula negara yang dilanda perang.Dia mengarahkan bancian pertama dalam sejarah Burma pada tahun 1635, yang menunjukkan bahawa kerajaan itu mempunyai kira-kira dua juta orang.Menjelang 1650, tiga raja yang berkebolehan–Nyaungyan, Anaukpetlun, dan Thalun–telah berjaya membina semula kerajaan yang lebih kecil tetapi jauh lebih terurus.Lebih penting lagi, dinasti baharu itu terus mencipta sistem perundangan dan politik yang ciri-ciri asasnya akan diteruskan di bawah dinasti Konbaung hingga ke abad ke-19.Mahkota menggantikan sepenuhnya ketua keturunan dengan jawatan gabenor yang dilantik di seluruh lembah Irrawaddy, dan sangat mengurangkan hak keturunan ketua Shan.Ia juga mengekang pertumbuhan berterusan kekayaan monastik dan autonomi, memberikan asas cukai yang lebih besar.Pembaharuan perdagangan dan pentadbiran sekularnya membina ekonomi yang makmur selama lebih daripada 80 tahun.^[55] Kecuali untuk beberapa pemberontakan sekali-sekala dan perang luar—Burma menewaskan percubaan Siam untuk mengambil Lan Na dan Mottama pada 1662–64—kerajaan itu sebahagian besarnya aman untuk sepanjang abad ke-17.Kerajaan itu mengalami kemerosotan secara beransur-ansur, dan kewibawaan "raja-raja istana" merosot dengan cepat pada tahun 1720-an.Dari 1724 dan seterusnya, orang Meitei mula menyerbu hulu Sungai Chinwin.Pada tahun 1727, selatan Lan Na (Chiang Mai) berjaya memberontak, meninggalkan hanya utara Lan Na (Chiang Saen) di bawah pemerintahan Burma yang semakin nominal.Serangan Meitei bertambah hebat pada tahun 1730-an, menjangkau bahagian yang semakin dalam di tengah Burma.Pada tahun 1740, Mon di Burma Hilir memulakan pemberontakan, dan mengasaskan Kerajaan Hanthawaddy yang Dipulihkan, dan pada tahun 1745 menguasai sebahagian besar Burma Hilir.Orang Siam juga memindahkan kuasa mereka ke pantai Tanintharyi pada tahun 1752. Hanthawaddy menyerang Burma Atas pada November 1751, dan menawan Ava pada 23 Mac 1752, menamatkan dinasti Taungoo yang berusia 266 tahun.