Semasa Perang Bosnia dan Perang Croatia 1991–1995, Montenegro mengambil bahagian dengan pasukan polis dan tenteranya dalam serangan ke atas bandar-bandar Dubrovnik, Croatia dan Bosnia bersama-sama dengan tentera Serbia, tindakan agresif yang bertujuan untuk memperoleh lebih banyak wilayah melalui kekerasan, dicirikan oleh corak yang konsisten pelanggaran hak asasi manusia yang berat dan sistematik.Jeneral Montenegro Pavle Strugar sejak itu telah disabitkan bersalah atas bahagiannya dalam pengeboman Dubrovnik.Pelarian Bosnia telah ditangkap oleh polis Montenegrin dan diangkut ke kem Serb di Foča, di mana mereka dikenakan penyeksaan sistematik dan dihukum bunuh.Pada Mei 1992, Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu mengenakan sekatan ke atas FRY: ini menjejaskan banyak aspek kehidupan di negara ini.Oleh kerana lokasi geografinya yang menggalakkan (akses ke Laut Adriatik dan sambungan air ke Albania merentasi Tasik Skadar) Montenegro menjadi hab untuk aktiviti penyeludupan.Seluruh pengeluaran perindustrian Montenegro telah berhenti, dan aktiviti ekonomi utama republik itu menjadi penyeludupan barangan pengguna - terutamanya yang kekurangan bekalan seperti petrol dan rokok, yang kedua-duanya melambung tinggi harganya.Ia menjadi amalan yang dihalalkan secara de facto dan ia berterusan selama bertahun-tahun.Paling baik, kerajaan Montenegrin menutup mata terhadap aktiviti haram itu, tetapi kebanyakannya ia mengambil bahagian secara aktif di dalamnya.Penyeludupan menjadikan jutawan daripada pelbagai jenis individu yang teduh, termasuk pegawai kanan kerajaan.Milo Đukanović terus menghadapi tindakan di pelbagai mahkamah Itali atas peranannya dalam penyeludupan yang meluas pada tahun 1990-an dan dalam menyediakan tempat selamat di Montenegro untuk tokoh Mafia Itali yang berbeza yang juga didakwa mengambil bahagian dalam rantaian pengedaran penyeludupan.