Sultan baru mendirikan ibu kota baru di tepi Sungai Johor dan, dari situ, terus mengganggu Portugis di utara.Beliau secara konsisten bekerjasama dengan abangnya di Perak dan Sultan Pahang untuk menawan semula Melaka, yang pada masa ini dilindungi oleh kubu A Famosa.Di bahagian utara Sumatera sekitar tempoh yang sama, Kesultanan Aceh mula mendapat pengaruh yang besar ke atas Selat Melaka.Dengan jatuhnya Melaka ke tangan Kristian, pedagang Islam sering melangkau Melaka demi Aceh atau juga ibu negeri Johor Johor Lama (Kota Batu).Oleh itu, Melaka dan Aceh menjadi pesaing langsung.Dengan Portugis dan Johor sering mengunci tanduk, Aceh melancarkan beberapa serbuan terhadap kedua-dua pihak untuk mengetatkan cengkamannya di selat itu.Kebangkitan dan perluasan Aceh mendorong Portugis dan Johor menandatangani gencatan senjata dan mengalihkan perhatian mereka ke Aceh.Walau bagaimanapun, gencatan senjata itu tidak lama dan dengan Aceh semakin lemah, Johor dan Portugis kembali bertemu antara satu sama lain.Semasa pemerintahan Sultan Iskandar Muda, Aceh menyerang Johor pada tahun 1613 dan sekali lagi pada tahun 1615. ^[54]