Dengan kejatuhan Portugis Melaka pada tahun 1641 dan kemerosotan Aceh akibat kuasa Belanda yang semakin meningkat, Johor mula menegakkan semula dirinya sebagai kuasa di sepanjang Selat Melaka semasa pemerintahan Sultan Abdul Jalil Shah III (1623–1677). ).^[55] Pengaruhnya meluas ke Pahang, Sungei Ujong, Melaka, Klang dan Kepulauan Riau.^[56] Semasa perang tiga segi, Jambi juga muncul sebagai kuasa ekonomi dan politik serantau di Sumatera.Pada mulanya terdapat percubaan pakatan antara Johor dan Jambi dengan perkahwinan yang dijanjikan antara pewaris Raja Muda dan puteri Pengeran Jambi.Bagaimanapun, Raja Muda mengahwini puteri Laksamana Abdul Jamil yang mengambil berat tentang pencairan kuasa daripada perikatan tersebut, menawarkan puterinya sendiri untuk dikahwinkan.^[57] Oleh itu pakatan itu terputus, dan perang 13 tahun kemudiannya berlaku antara Johor dan negeri Sumatera bermula pada tahun 1666. Peperangan itu membawa bencana kepada Johor kerana ibu kota Johor, Batu Sawar, telah dipecat oleh Jambi pada tahun 1673. Sultan melarikan diri ke Pahang dan meninggal dunia empat tahun kemudian.Penggantinya, Sultan Ibrahim (1677–1685), kemudiannya meminta bantuan orang Bugis dalam perjuangan untuk mengalahkan Jambi.^[56] Johor akhirnya akan menang pada tahun 1679, tetapi juga berakhir dalam kedudukan yang lemah kerana Bugis enggan pulang, dan Minangkabaus Sumatera juga mula menegaskan pengaruh mereka.^[57]