Sultan terakhir dinasti Melaka, Sultan Mahmud Shah II, terkenal dengan tingkah lakunya yang tidak menentu, yang sebahagian besarnya tidak dapat dikawal selepas kematian Bendehara Habib dan pelantikan Bendahara Abdul Jalil seterusnya.Tingkah laku ini memuncak apabila Sultan memerintahkan hukuman mati terhadap isteri seorang bangsawan yang sedang hamil atas kesalahan kecil.Sebagai tindakan balas, Sultan dibunuh oleh bangsawan yang terkilan, meninggalkan takhta kosong pada tahun 1699. Orang Kaya, penasihat sultan, berpaling kepada Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong Muar, yang mencadangkan Bendahara Abdul Jalil mewarisi takhta.Bagaimanapun, penggantian itu mendapat sedikit rasa tidak puas hati, terutamanya daripada Orang Laut.Dalam tempoh ketidakstabilan ini, dua kumpulan dominan di Johor—Bugis dan Minangkabau—melihat peluang untuk memegang kuasa.Orang Minangkabau memperkenalkan Raja Kecil, seorang putera raja yang mengaku sebagai anak anumerta Sultan Mahmud II.Dengan janji kekayaan dan kuasa, orang Bugis pada mulanya menyokong Raja Kecil.Bagaimanapun, Raja Kecil mengkhianati mereka dan menobatkan dirinya Sultan Johor tanpa persetujuan mereka, menyebabkan Sultan Abdul Jalil IV sebelum ini melarikan diri dan akhirnya dibunuh.Sebagai tindakan balas, orang Bugis bergabung dengan Raja Sulaiman, anak Sultan Abdul Jalil IV, yang membawa kepada penyingkiran Raja Kecil pada tahun 1722. Semasa Raja Sulaiman naik sebagai Sultan, baginda telah banyak dipengaruhi oleh orang Bugis, yang sebenarnya memerintah Johor.Sepanjang pemerintahan Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah pada pertengahan abad ke-18, orang Bugis mempunyai kawalan yang ketara ke atas pentadbiran Johor.Pengaruh mereka menjadi begitu besar sehinggakan pada tahun 1760, pelbagai keluarga Bugis telah berkahwin campur dengan keturunan diraja Johor, seterusnya mengukuhkan penguasaan mereka.Di bawah kepimpinan mereka, Johor mengalami pertumbuhan ekonomi, disokong oleh integrasi pedagang Cina.Namun, menjelang akhir abad ke-18, Engkau Muda dari puak Temenggong mula menuntut semula kuasa, meletakkan asas kemakmuran masa depan kesultanan di bawah bimbingan Temenggong Abdul Rahman dan keturunannya.