Pada akhir abad ke-11, dinasti Khwarazmian mengambil alih kawalan ke atas Iraq.Tempoh pemerintahan sekular Turki dan kekhalifahan Abbasiyah ini berakhir dengan pencerobohan Mongol pada abad ke-13.^[51] Mongol, yang diketuai oleh Genghis Khan, telah menakluki Khwarezmia pada tahun 1221. Walau bagaimanapun, Iraq mengalami penangguhan sementara akibat kematian Genghis Khan pada tahun 1227 dan perebutan kuasa seterusnya dalam Empayar Mongol.Möngke Khan, dari 1251, menghidupkan semula pengembangan Mongol, dan apabila Khalifah al-Mustasim menolak tuntutan Mongol, Baghdad menghadapi pengepungan yang dipimpin oleh Hulagu Khan pada tahun 1258.Pengepungan Baghdad, peristiwa penting dalam penaklukan Mongol, berlangsung selama 13 hari dari 29 Januari hingga 10 Februari 1258. Tentera Mongol Ilkhanate , bersama sekutu mereka, mengepung, menawan, dan akhirnya memecat Baghdad, ibu kota Khalifah Abbasiyah pada masa itu. .Pengepungan ini mengakibatkan pembunuhan beramai-ramai kebanyakan penduduk bandar itu, yang berpotensi berjumlah ratusan ribu.Sejauh mana kemusnahan perpustakaan kota dan kandungan berharganya masih menjadi topik perdebatan di kalangan ahli sejarah.Tentera Mongol menghukum mati Al-Musta'sim dan menyebabkan pengurangan penduduk yang teruk dan kemusnahan di Baghdad.Pengepungan ini secara simbolik menandakan berakhirnya Zaman Keemasan Islam, suatu tempoh di mana para khalifah telah memperluaskan kekuasaan mereka dari Semenanjung Iberia ke Sindh.