Lapan tahun dua penggal Mohammad Khatami sebagai presiden pada 1997–2005 kadangkala dipanggil Era Reformasi Iran.^[122] Jawatan presiden Mohammad Khatami, bermula pada 23 Mei 1997, menandakan perubahan ketara dalam landskap politik Iran, menekankan pembaharuan dan pemodenan.Memenangi pilihan raya dengan 70% undian yang luar biasa di tengah-tengah peratusan keluar mengundi yang tinggi hampir 80%, kemenangan Khatami terkenal dengan sokongan meluasnya, termasuk golongan kiri tradisional, pemimpin perniagaan yang menyokong keterbukaan ekonomi dan pengundi muda.^[123]Pemilihan Khatami menandakan keinginan untuk perubahan dalam masyarakat Iran, terutamanya selepas Perang Iran- Iraq dan tempoh pembinaan semula pasca konflik.Jawatan presidennya, sering dikaitkan dengan "Pergerakan Khordad ke-2," memberi tumpuan kepada kedaulatan undang-undang, demokrasi, dan penyertaan politik yang inklusif.Pada mulanya, era baru menyaksikan liberalisasi yang ketara.Bilangan akhbar harian yang diterbitkan di Iran meningkat daripada lima kepada dua puluh enam.Penerbitan jurnal dan buku juga melonjak.Industri filem Iran berkembang pesat di bawah rejim Khatami dan filem Iran memenangi hadiah di Cannes, dan Venice.^[124] Walau bagaimanapun, agenda reformisnya sering bertembung dengan unsur konservatif Iran, terutamanya mereka yang mempunyai jawatan berkuasa seperti Majlis Penjaga.Pertembungan ini sering mengakibatkan kekalahan Khatami dalam pertempuran politik, yang membawa kepada kekecewaan di kalangan penyokongnya.Pada tahun 1999, sekatan baru telah diletakkan di akhbar.Mahkamah mengharamkan lebih 60 akhbar.^[124] Sekutu penting Presiden Khatami telah ditangkap, dibicarakan dan dipenjarakan atas perkara yang dianggap oleh pemerhati luar "dibuat-buat" ^[125] atau alasan ideologi.Pentadbiran Khatami secara perlembagaan adalah bawahan kepada Pemimpin Tertinggi, mengehadkan kuasanya ke atas institusi utama negara.Percubaan perundangannya yang terkenal, "rang undang-undang berkembar," bertujuan untuk memperbaharui undang-undang pilihan raya dan menjelaskan kuasa presiden.Rang undang-undang ini telah diluluskan oleh parlimen tetapi telah diveto oleh Majlis Penjaga, melambangkan cabaran yang dihadapi Khatami dalam melaksanakan reformasi.Jawatan presiden Khatami dicirikan oleh penekanan pada kebebasan akhbar, masyarakat sivil, hak wanita, toleransi beragama, dan pembangunan politik.Dia berusaha untuk meningkatkan imej Iran di peringkat antarabangsa, melibatkan diri dengan Kesatuan Eropah dan menjadi presiden Iran pertama yang melawat beberapa negara Eropah.Dasar ekonomi beliau meneruskan usaha perindustrian kerajaan terdahulu, memfokuskan pada penswastaan ​​dan mengintegrasikan ekonomi Iran ke dalam pasaran global.Di sebalik usaha ini, Iran menghadapi cabaran besar, termasuk pengangguran dan perjuangan berterusan dengan kemiskinan.Dalam dasar luar, Khatami menyasarkan untuk perdamaian atas konfrontasi, menganjurkan "Dialog Antara Tamadun" dan cuba memperbaiki hubungan dengan Barat.Beberapa negara Kesatuan Eropah mula memperbaharui hubungan ekonomi dengan Iran pada akhir 1990-an, dan perdagangan dan pelaburan meningkat.Pada tahun 1998, Britain menjalin semula hubungan diplomatik dengan Iran, yang terputus sejak revolusi 1979.Amerika Syarikat melonggarkan sekatan ekonominya, tetapi ia terus menyekat hubungan yang lebih normal, dengan alasan bahawa negara itu telah terlibat dalam keganasan antarabangsa dan sedang membangunkan kapasiti senjata nuklear.