Pada 1241–1242, kerajaan itu mengalami tamparan hebat berikutan pencerobohan Mongol ke atas Eropah.Selepas Hungary diserang oleh Mongol pada tahun 1241, tentera Hungary telah dikalahkan dengan teruk dalam Pertempuran Mohi.Raja Béla IV melarikan diri dari medan perang dan kemudian negara selepas Mongol mengejarnya ke sempadannya.Sebelum Mongol berundur, sebahagian besar penduduk (20-50%) mati.^[22] Di dataran, antara 50 dan 80% daripada penempatan telah musnah.^[23] Hanya istana, bandar berkubu kuat dan biara yang dapat menahan serangan itu, kerana orang Mongol tidak mempunyai masa untuk pengepungan yang lama-matlamat mereka adalah untuk bergerak ke barat secepat mungkin.Enjin pengepungan dan juruteraChina dan Parsi yang mengendalikannya untuk Mongol telah ditinggalkan di tanah takluk Kyivan Rus'.^[24] Kemusnahan yang disebabkan oleh pencerobohan Mongol kemudiannya membawa kepada jemputan peneroka dari bahagian lain Eropah, terutamanya dari Jerman.Semasa kempen Mongol menentang Kievan Rus, kira-kira 40,000 Cumans , ahli suku nomad Kipchaks pagan, telah dihalau ke barat Pergunungan Carpathian.^[25] Di sana, orang Cuman merayu kepada Raja Béla IV untuk perlindungan.^[26] Orang Jassic Iran datang ke Hungary bersama-sama dengan Cuman selepas mereka dikalahkan oleh Mongol.Cumans membentuk mungkin sehingga 7–8% daripada populasi Hungary pada separuh kedua abad ke-13.^[27] Selama berabad-abad mereka telah diasimilasikan sepenuhnya ke dalam populasi Hungary, dan bahasa mereka hilang, tetapi mereka mengekalkan identiti dan autonomi wilayah mereka sehingga 1876. ^[28]Sebagai akibat daripada pencerobohan Mongol, Raja Béla mengarahkan pembinaan ratusan istana batu dan kubu untuk membantu mempertahankan diri daripada kemungkinan pencerobohan Mongol kedua.Orang Mongol sememangnya kembali ke Hungary pada tahun 1286, tetapi sistem istana batu yang baru dibina dan taktik ketenteraan baru yang melibatkan bahagian yang lebih tinggi daripada kesatria bersenjata berat menghalang mereka.Pasukan Mongol yang menyerang telah dikalahkan berhampiran Pest oleh tentera diraja Raja Ladislaus IV.Pencerobohan kemudiannya juga ditangkis dengan mudah.Istana yang dibina oleh Béla IV terbukti sangat berguna pada masa kemudian dalam perjuangan panjang menentang Empayar Uthmaniyyah .Walau bagaimanapun, kos untuk membinanya menyebabkan raja Hungary terhutang budi kepada tuan tanah feudal utama, sehingga kuasa diraja yang dituntut semula oleh Béla IV selepas bapanya Andrew II melemahkan dengan ketara ia sekali lagi tersebar di kalangan golongan bangsawan yang lebih rendah.