Nikephoros berkonflik dengan Maharaja Michael pada tahun 1078 apabila dia merayu kepada maharaja untuk menangani keadaan yang semakin teruk di Byzantine Anatolia, menghina Michael dengan terus terangnya.Untuk melindungi dirinya, Nikephoros mengumpulkan tentera pribumi dan askar upahan Turki dan mengisytiharkan dirinya sebagai maharaja pada bulan Julai atau Oktober 1077. Nikephoros mengumpulkan pangkalan sokongan yang kuat kerana kepintaran tentera dan kemasyhuran keluarganya dan kemudiannya diiktiraf oleh Senat Byzantine pada 7 Januari 1078, selepas itu dia merampas takhta dengan bantuan warga Constantinople.Sebagai maharaja, Nikephoros menghadapi banyak pemberontakan, termasuk pemberontakan Nikephoros Bryennios, Nikephoros Basilakes, dan Constantine Doukas, serta percubaan pembunuhan oleh Pengawal Varangian .Nikephoros menerima perangkap seorang maharaja, melakukan banyak tindakan untuk meningkatkan legitimasi dan sokongannya, seperti membelanjakan sejumlah besar untuk derma untuk tentera dan penyokongnya, memaafkan semua hutang yang tertunggak, dan memulakan pembaharuan undang-undang kecil.Secara diplomatik, Nikephoros memperoleh penyerahan Theodore Gabras dan Philaretos Brachamios, gabenor Trebizond dan Antioch, masing-masing, yang telah menjadi bebas secara de facto daripada Empayar Byzantine kerana pencerobohan berterusan Seljuk ke Anatolia Byzantine.