Norman Duke Robert Guiscard dari Apulia bersedia untuk menyerang Empayar Byzantine pada tahun 1081 dengan alasan untuk mempertahankan penggantian Constantine Doukas, yang telah bertunang dengan anak perempuan Robert Helena;pada masa yang sama, orang Seljuk menawan bandar Cyzicus.Alexios telah diamanahkan dengan tentera yang besar untuk mengalahkan ancaman Norman tetapi bersekongkol dengan saudaranya John Doukas untuk mengambil alih takhta untuk dirinya sendiri.Alexios membangkitkan pemberontakan terhadap Nikephoros dan dapat dengan cepat mengepung Constantinople dan mengepungnya kerana kekurangan tentera pertahanan.Nikeophoros tidak dapat mendapatkan sokongan sama ada Turki Seljuk atau Nikephoros Melissenos, saingan tradisionalnya, dan dengan itu terpaksa bersedia untuk turun takhta.Nikephoros memutuskan bahawa satu-satunya pilihannya ialah turun takhta memihak kepada Melissenos, yang berdekatan di Damalis di Anatolia, dan menghantar utusan kepadanya melintasi Selat Bosphorus;bagaimanapun, utusan ini telah dipintas oleh George Palaiologos, seorang jeneral Alexios, yang memujuk mereka untuk menyokong Alexios.Alexios dan pasukannya menerobos tembok Constantinople pada 1 April 1081 dan memecat kota itu;Patriark Cosmas meyakinkan Nikephoros untuk turun takhta kepada Alexios daripada memanjangkan perang saudara.Nikephoros kemudian melarikan diri ke Hagia Sophia dan mencari tempat perlindungan di dalamnya.Michael, logothete Alexios, kemudian mengiringi Nikephoros ke Biara Peribleptus, di mana dia turun takhta dan menjadi seorang sami.Dia meninggal dunia pada tahun itu.