1947 मध्ये, लियाकत अली खान पहिले पंतप्रधान आणि महंमद अली जिना गव्हर्नर-जनरल आणि संसदेचे अध्यक्ष म्हणून पाकिस्तान एक नवीन राष्ट्र म्हणून उदयास आले.भारत आणि पाकिस्तान या दोन्ही देशांसाठी गव्हर्नर-जनरल होण्याची लॉर्ड माउंटबॅटनची ऑफर नाकारून जिना यांनी 1948 मध्ये त्यांच्या मृत्यूपर्यंत देशाचे नेतृत्व केले. त्यांच्या नेतृत्वाखाली पाकिस्तानने इस्लामिक राज्य होण्याच्या दिशेने पावले उचलली, विशेषत: पंतप्रधानांनी उद्दिष्ट ठराव मांडला. खान यांनी 1949 मध्ये अल्लाहच्या सार्वभौमत्वावर जोर दिला.उद्दिष्टांच्या ठरावाने घोषित केले की संपूर्ण विश्वावरील सार्वभौमत्व अल्लाह सर्वशक्तिमानाचे आहे.^[५]पाकिस्तानच्या सुरुवातीच्या वर्षांत भारतातून, विशेषतः कराची, ^[६] पहिली राजधानी येथे लक्षणीय स्थलांतर झाले.पाकिस्तानच्या आर्थिक पायाभूत सुविधा मजबूत करण्यासाठी त्यांचे वित्त सचिव व्हिक्टर टर्नर यांनी देशाचे पहिले आर्थिक धोरण लागू केले.यामध्ये स्टेट बँक, फेडरल ब्युरो ऑफ स्टॅटिस्टिक्स आणि फेडरल बोर्ड ऑफ रेव्हेन्यू यासारख्या महत्त्वाच्या संस्थांची स्थापना समाविष्ट आहे, ज्याचा उद्देश वित्त, कर आकारणी आणि महसूल संकलनात राष्ट्राची क्षमता वाढवणे आहे.^[७] तथापि, पाकिस्तानला भारतासोबत महत्त्वपूर्ण समस्यांचा सामना करावा लागला.एप्रिल 1948 मध्ये, भारताने पंजाबमधील दोन कालव्याच्या हेडवर्क्समधून पाकिस्तानला होणारा पाणीपुरवठा बंद केला, ज्यामुळे दोन्ही देशांमधील तणाव वाढला.याव्यतिरिक्त, भारताने सुरुवातीला संयुक्त भारताकडून पाकिस्तानच्या मालमत्ता आणि निधीचा वाटा रोखला.या संपत्ती अखेरीस महात्मा गांधींच्या दबावाखाली सोडण्यात आल्या.^[८] 1949 मध्ये पाकिस्तान-अफगाणिस्तान सीमेवर शेजारील अफगाणिस्तान आणि काश्मीरमधील नियंत्रण रेषेवर भारतासोबत प्रादेशिक समस्या उद्भवल्या.^[९]देशाने आंतरराष्ट्रीय मान्यता देखील मागितली, इराणने प्रथम ओळखले, परंतु सोव्हिएत युनियन आणि इस्रायलकडून सुरुवातीच्या अनिच्छेचा सामना केला.मुस्लिम देशांना एकत्र आणण्याच्या उद्देशाने पाकिस्तानने मुस्लिम जगामध्ये सक्रियपणे नेतृत्वाचा पाठपुरावा केला.तथापि, या महत्त्वाकांक्षेला आंतरराष्ट्रीय स्तरावर आणि काही अरब राष्ट्रांमध्ये संशयाचा सामना करावा लागला.मुस्लिम जगतातील विविध स्वातंत्र्य चळवळींना पाकिस्ताननेही पाठिंबा दिला.देशांतर्गत, भाषा धोरण हा वादग्रस्त मुद्दा बनला, जिना यांनी उर्दूला राज्यभाषा म्हणून घोषित केले, ज्यामुळे पूर्व बंगालमध्ये तणाव निर्माण झाला.1948 मध्ये जिना यांच्या मृत्यूनंतर, सर ख्वाजा नाझिमुद्दीन गव्हर्नर-जनरल बनले, त्यांनी पाकिस्तानच्या सुरुवातीच्या काळात राष्ट्र-निर्माणाचे प्रयत्न सुरू ठेवले.