ການດຳລົງຕຳແໜ່ງປະທານາທິບໍດີຂອງ ທ່ານ Pervez Musharraf ແຕ່ປີ 1999 ຫາປີ 2007 ເປັນຄັ້ງທຳອິດຂອງກຳລັງເສລີນິຍົມ ທີ່ຖືອຳນາດທີ່ສຳຄັນຢູ່ໃນປາກີສະຖານ.ຂໍ້ລິເລີ່ມສໍາລັບການເປີດເສລີທາງເສດຖະກິດ, ການເປັນເອກະຊົນ, ແລະເສລີພາບສື່ມວນຊົນໄດ້ຖືກນໍາສະເຫນີ, ໂດຍຜູ້ບໍລິຫານ Citibank Shaukat Aziz ຈະຄວບຄຸມເສດຖະກິດ.ລັດ​ຖະ​ບານ​ຂອງ​ທ່ານ Musharraf ໄດ້​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ອະ​ໄພ​ຍະ​ໂທດ​ໃຫ້​ແກ່​ພວກ​ນັກ​ການ​ເມືອງ​ຈາກ​ພັກ​ອິດ​ສະ​ລະ, ກີດ​ກັນ​ພັກ​ອະ​ນຸ​ລັກ​ຮັກ​ສາ​ແລະ​ຊ້າຍ.Musharraf ໄດ້​ຂະຫຍາຍ​ສື່​ມວນ​ຊົນ​ເອກະ​ຊົນ​ຢ່າງ​ຫຼວງ​ຫຼາຍ, ​ເພື່ອ​ແນ​ໃສ່​ຕ້ານ​ອິດ​ທິພົນ​ດ້ານ​ວັດທະນະທຳ​ຂອງ​ອິນ​ເດຍ.ສານສູງສຸດໄດ້ສັ່ງໃຫ້ມີການເລືອກຕັ້ງທົ່ວໄປພາຍໃນເດືອນຕຸລາປີ 2002, ແລະທ່ານ Musharraf ໄດ້ຮັບຮອງການບຸກໂຈມຕີຂອງ ສະຫະລັດ ໃນ ອັຟການິສຖານ ໃນປີ 2001. ຄວາມເຄັ່ງຕຶງກັບອິນເດຍກ່ຽວກັບເຂດ Kashmir ເຮັດໃຫ້ເກີດການປະທະກັນທາງທະຫານໃນປີ 2002.ການລົງປະຊາມະຕິໃນປີ 2002 ຂອງ Musharraf, ຖືວ່າມີຄວາມຂັດແຍ້ງ, ໄດ້ຂະຫຍາຍອາຍຸການເປັນປະທານາທິບໍດີ.ການ​ເລືອກ​ຕັ້ງ​ທົ່ວ​ໄປ​ໃນ​ປີ 2002 ​ໄດ້​ເຫັນ​ພວກ​ເສລີ​ນິຍົມ ​ແລະ​ພວກ​ພັກ​ກາງ​ໄດ້​ຊະນະ​ສຽງ​ສ່ວນ​ຫລາຍ, ​ໄດ້​ສ້າງ​ຕັ້ງ​ລັດຖະບານ​ໂດຍ​ການ​ສະໜັບສະໜູນ​ຂອງ​ທ່ານ Musharraf.ການ​ດັດ​ແກ້​ລັດຖະທຳ​ມະນູນ​ຂອງ​ປາ​ກີ​ສະຖານ​ຄັ້ງ​ທີ 17 ​ໄດ້​ເຮັດ​ໃຫ້​ການ​ກະທຳ​ຂອງ​ທ່ານ Musharraf ​ຖືກຕ້ອງ​ຕາມ​ກົດໝາຍ ​ແລະ ​ໄດ້​ຕໍ່​ອາຍຸ​ການ​ດຳລົງ​ຕຳ​ແໜ່​ງປະທານາທິບໍດີ.Shaukat Aziz ກາຍເປັນນາຍົກລັດຖະມົນຕີໃນປີ 2004, ສຸມໃສ່ການເຕີບໂຕທາງດ້ານເສດຖະກິດແຕ່ປະເຊີນກັບການຕໍ່ຕ້ານການປະຕິຮູບທາງດ້ານສັງຄົມ.Musharraf ​ແລະ Aziz ລອດ​ຊີວິດ​ຈາກ​ຄວາມ​ພະຍາຍາມ​ລອບ​ສັງຫານ​ຫຼາຍ​ຄັ້ງ​ທີ່​ກ່ຽວ​ພັນ​ກັບ al-Qaeda.ສາກົນ, ການກ່າວຫາກ່ຽວກັບການແຜ່ຂະຫຍາຍນິວເຄຼຍເຮັດໃຫ້ຄວາມຫນ້າເຊື່ອຖືຂອງພວກເຂົາເສຍຫາຍ.ການ​ທ້າ​ທາຍ​ພາຍ​ໃນ​ປະ​ເທດ​ລວມມີ​ຄວາມ​ຂັດ​ແຍ່ງ​ກັນ​ໃນ​ເຂດ​ຊົນ​ເຜົ່າ​ແລະ​ການ​ຢຸດ​ຍິງ​ກັບ​ກຸ່ມ​ຕາ​ລີ​ບັນ​ໃນ​ປີ 2006, ​ເຖິງ​ແມ່ນ​ວ່າ​ຄວາມ​ຮຸນ​ແຮງ​ທາງ​ສາສະໜາ​ຍັງ​ຄົງ​ຢູ່​ຕໍ່​ໄປ.