1999-жылы Пакистан генерал Первез Мушарраф жана Бириккен штабдын штабындагы аскер кызматкерлери жетектеген кансыз аскердик төңкөрүштү баштан кечирди.12-октябрда алар өкмөт башчы Наваз Шарифтин жарандык өкмөтүнөн көзөмөлдү басып алышкан.Эки күндөн кийин Мушарраф башкы аткаруучу катары Пакистандын Конституциясын талаштуу түрдө убактылуу токтотту.Төңкөрүшкө Шарифтин администрациясы менен аскерлердин, өзгөчө генерал Мушаррафтын ортосундагы тирешүүнүн күчөшү себеп болгон.Шарифтин Мушаррафты армиянын башчысы кылып генерал-лейтенант Зиауддин Батт менен алмаштыруу аракети жогорку даражалуу аскер чиновниктеринин каршылыгына кабылып, Батттын кармалышына алып келген.Төңкөрүштүн аткарылышы тез эле.17 сааттын ичинде аскер командирлери негизги мамлекеттик мекемелерди басып алып, Шарифти жана анын администрациясын, анын ичинде бир тууганын үй камагына чыгарышты.Аскердик күчтөр маанилүү коммуникация инфраструктурасын да көзөмөлгө алышты.Пакистандын Жогорку соту, Жогорку Соттун төрагасы Иршад Хасан Хан, аскердик абалды “зарыл доктринасы” боюнча бекитти, бирок анын мөөнөтүн үч жыл менен чектеди.Шариф Мушаррафты ташыган учакта өмүрүнө коркунуч келтиргени үчүн соттолуп, соттолгон, бул чечим талаш-тартыштарды жараткан.2000-жылы декабрда Мушарраф күтүүсүздөн Шарифке кечирим берип, андан кийин Сауд Арабияга учуп кеткен.2001-жылы Мушарраф президент Рафик Тарарды кызматтан кетүүгө мажбурлагандан кийин президент болгон.2002-жылдын апрелинде өткөн элдик референдум көпчүлүк тарабынан бурмаланган деп сындалып, Мушаррафтын бийлигин узарткан.2002-жылдагы жалпы шайлоолор демократияга кайтып келди, Мушаррафтын PML(Q) азчылык өкмөтүн түздү.