Осмон портуна колдоо көрсөтүү жанамамлюктарды басуу максатындагы Египетке француз экспедициясын Наполеон Бонапарт жетектеген.Бонапарттын Александриядагы жарлыгы мамлюктарда бул сапаттардын жоктугуна карама-каршы туруп, теңдикке, татыктуулукка жана исламды урматтоого басым жасаган.Ал бардык египеттиктерге административдик кызматтарга ачык кирүү мүмкүнчүлүгүн убада кылды жана француздардын исламды карманышын көрсөтүү үчүн папалык бийликти кулатууну сунуштады.^[102]Бирок, египеттиктер француздардын ниеттерине шектеништи.Мурад Бей менен Ибрагим Бейдин күчтөрү жеңилген Эмбабе согушунда (Пирамидалардын салгылашында) француздардын жеңишинен кийин Каирде шейхтерден, мамлюктардан жана француз мүчөлөрүнөн турган муниципалдык кеңеш түзүлүп, негизинен француз жарлыктарынын аткарылышын камсыз кылуу үчүн кызмат кылган.^[102]Француздардын жеңилбестиги алардын флоту Нилдеги салгылашууда жеңилгенден жана Жогорку Египетте ийгиликсиз болгондон кийин шек туудурган.Үй салыгынын киргизилиши менен тирешүү күчөп, 1798-жылы октябрда Каирде көтөрүлүшкө алып келген. Француз генералы Дюпю өлтүрүлгөн, бирок Бонапарт менен генерал Клебер көтөрүлүштү тез эле басышкан.Франциянын Аль-Азхар мечитин сарай катары колдонуусу катуу нааразылык жаратты.^[102]1799-жылы Бонапарттын Сирия экспедициясы Египеттеги француздардын көзөмөлүн убактылуу алсыраткан.Кайтып келери менен Мурад бей менен Ибрагим бейдин биргелешкен чабуулун талкалап, кийин Абукирде түрк аскерлерин талкалаган.Андан кийин Бонапарт Египеттен чыгып, Клеберди мураскер кылып дайындаган.^[102] Клебер кооптуу жагдайга туш болгон.Француздарды эвакуациялоо боюнча алгачкы макулдашуулар британиялыктар тарабынан тоскоол болгондон кийин, Каирде баш аламандыктар болуп, Клебер аны баскан.Ал Мурад Бей менен сүйлөшүүлөрдү жүргүзүп, ага Жогорку Египетти башкарууга уруксат берген, бирок Клебер 1800-жылы июнда өлтүрүлгөн ^[102.]Генерал Жак-Франсуа Мену Клебердин ордуна келип, мусулмандардын жактыруусуна ээ болууга аракет кылып, бирок Франциянын протекторатын жарыялоо менен египеттиктерди алыстатты.1801-жылы англис жана түрк аскерлери Абу Кирге келип, француздардын жеңилишине алып келген.Генерал Бельярд май айында Каирди багынып берди, августта Мену Александрияда багынып берип, француз оккупациясын токтотту.^[102] Француз оккупациясынын түбөлүктүү мурасы француз окумуштуулары тарабынан Египеттин деталдуу изилдөөсү болгон "Description de l'Egypte" Египетология тармагына олуттуу салым кошкон.^[102]