1999년부터 2007년까지 페르베즈 무샤라프가 대통령으로 재임하면서 자유주의 세력이 파키스탄에서 처음으로 상당한 권력을 장악했습니다.경제 자유화, 민영화, 언론 자유를 위한 계획이 도입되었고, 씨티은행 경영자 샤우카트 아지즈(Shaukat Aziz)가 경제를 장악했습니다.무샤라프 정부는 보수파와 좌파를 배제하고 자유당 소속 정치인들에게 사면을 허용했습니다.무샤라프는 인도의 문화적 영향력에 맞서기 위해 민간 미디어를 크게 확장했습니다.대법원은 2002년 10월까지 총선거를 명령했고, 무샤라프는 2001년 미국 의 아프가니스탄 침공을 지지했습니다. 카슈미르를 둘러싼 인도와의 긴장은 2002년 군사적 대립으로 이어졌습니다.논란의 여지가 있는 것으로 간주된 무샤라프의 2002년 국민투표는 그의 대통령 임기를 연장시켰다.2002년 총선에서는 자유주의자들과 중도주의자들이 과반수를 획득하여 무샤라프의 지원을 받아 정부를 구성했습니다.파키스탄 헌법 제17차 수정안은 무샤라프의 행동을 소급하여 합법화하고 그의 대통령 임기를 연장했습니다.샤우카트 아지즈(Shaukat Aziz)는 2004년에 총리가 되었고 경제 성장에 초점을 맞추었지만 사회 개혁에 대한 반대에 직면했습니다.무샤라프와 아지즈는 알카에다와 관련된 여러 암살 시도에서 살아남았습니다.국제적으로 핵확산 의혹은 이들의 신뢰성을 손상시켰습니다.국내 문제에는 부족 지역의 갈등과 2006년 탈레반과의 휴전이 포함되었지만 종파간 폭력은 계속되었습니다.