말라카 왕조의 마지막 술탄인 술탄 마흐무드 샤 2세(Sultan Mahmud Shah II)는 변덕스러운 행동으로 유명했는데, 이는 벤데하라 하비브(Bendehara Habib)가 사망하고 그에 따른 벤다하라 압둘 잘릴(Bendahara Abdul Jalil)이 임명된 후에도 거의 확인되지 않았습니다.이 행동은 술탄이 사소한 위반으로 인해 귀족의 임신한 아내를 처형하도록 명령하면서 정점에 이르렀습니다.이에 대한 보복으로 술탄은 분노한 귀족들에 의해 살해되었고, 1699년에 왕위는 비워졌습니다. 술탄의 고문인 오랑 카야(Orang Kayas)는 무아르의 라자 테멘공(Raja Temenggong)인 사 아카르 디라자(Sa Akar DiRaja)에게 의지했고, 그는 벤다하라 압둘 잘릴(Bendahara Abdul Jalil)이 왕위를 계승할 것을 제안했습니다.그러나 승계는 특히 Orang Laut의 불만에 부딪혔습니다.이 불안정한 기간 동안 조호르의 두 지배적인 그룹인 부기스(Bugis)와 미낭카바우(Minangkabau)가 권력을 행사할 기회를 보았습니다.Minangkabau는 Sultan Mahmud II의 사후 아들이라고 주장하는 왕자 Raja Kecil을 소개했습니다.부와 권력을 약속하면서 Bugis는 처음에 Raja Kecil을 지원했습니다.그러나 라자 케실(Raja Kecil)은 그들을 배신하고 그들의 동의 없이 스스로 조호르의 술탄이 되었으며, 이로 인해 이전 술탄 압둘 잘릴 4세(Abdul Jalil IV)는 도망쳐 결국 암살당했습니다.보복으로 부기스족은 술탄 압둘 잘릴 4세(Sultan Abdul Jalil IV)의 아들인 라자 술라이만(Raja Sulaiman)과 힘을 합쳐 1722년 라자 케실(Raja Kecil)을 폐위시켰습니다. 라자 술라이만(Raja Sulaiman)이 술탄으로 즉위하는 동안 그는 사실상 조호르를 통치했던 부기스족의 영향을 크게 받았습니다.18세기 중반 술탄 술라이만 바드룰 알람 샤(Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah)의 통치 기간 동안 부기스족은 조호르의 행정에 대해 상당한 통제권을 행사했습니다.그들의 영향력은 매우 커져 1760년까지 다양한 부기스 가문이 조호르 왕족과 결혼하여 그들의 지배력을 더욱 강화했습니다.그들의 지도력 아래 조호르는 중국 상인들의 통합에 힘입어 경제 성장을 경험했습니다.그러나 18세기 후반에 테멩공 세력의 엥카우 무다가 권력을 되찾기 시작했고, 테멩공 압둘 라만과 그의 후손들의 지도 아래 술탄국의 미래 번영의 기반을 마련했습니다.