1598 წლის 7 იანვარს უშვილო ფეოდორის გარდაცვალებამ, ისევე როგორც ფეოდორის ბევრად უმცროსი ძმის დიმიტრის ჭორების მკვლელობამ გამოიწვია ბორისის ხელისუფლებაში მოსვლა.მისი არჩევა შესთავაზა მოსკოვის პატრიარქმა იობმა, რომელიც თვლიდა, რომ ბორისი იყო ერთადერთი ადამიანი, რომელსაც შეუძლია გაუმკლავდეს სიტუაციის სირთულეებს.თუმცა ბორისი ტახტს მიიღებდა მხოლოდ ზემსკის სობორისგან (ეროვნული კრება), რომელიც 17 თებერვალს შეიკრიბა და 21 თებერვალს ერთხმად აირჩია.1 სექტემბერს იგი საზეიმოდ აკურთხეს მეფედ.მან გააცნობიერა რუსეთის მიერ დასავლეთის ინტელექტუალური პროგრესის დაჭერის აუცილებლობა და ყველაფერი გააკეთა იმისათვის, რომ გაეტარებინა საგანმანათლებლო და სოციალური რეფორმები.ის იყო პირველი ცარი, რომელმაც ფართო მასშტაბით შემოიტანა უცხოელი მასწავლებლები, პირველმა გაგზავნა ახალგაზრდა რუსები საზღვარგარეთ განათლების მისაღებად და პირველმა დაუშვა რუსეთში ლუთერანული ეკლესიების აშენება.