პერვეზ მუშარაფის პრეზიდენტობა 1999 წლიდან 2007 წლამდე იყო პირველი შემთხვევა, როდესაც ლიბერალურმა ძალებმა მნიშვნელოვანი ძალაუფლება დაიკავეს პაკისტანში.დაინერგა ეკონომიკური ლიბერალიზაციის, პრივატიზაციისა და მედიის თავისუფლების ინიციატივები, როდესაც Citibank-ის აღმასრულებელი Shaukat Aziz აიღო ეკონომიკაზე კონტროლი.მუშარაფის მთავრობამ ამნისტია გამოუცხადა ლიბერალური პარტიების პოლიტიკურ მუშაკებს, რითაც განდევნა კონსერვატორები და მემარცხენეები.მუშარაფმა მნიშვნელოვნად გააფართოვა კერძო მედია, რომლის მიზანი იყო ინდოეთის კულტურული გავლენის წინააღმდეგობა.უზენაესმა სასამართლომ 2002 წლის ოქტომბრისთვის დანიშნა საყოველთაო არჩევნები და მუშარაფმა მხარი დაუჭირა აშშ-ს შეჭრას ავღანეთში 2001 წელს. ინდოეთთან დაძაბულობამ ქაშმირის გამო სამხედრო დაპირისპირება გამოიწვია 2002 წელს.2002 წლის მუშარაფის რეფერენდუმმა, რომელიც საკამათო იყო მიჩნეული, გაახანგრძლივა მისი საპრეზიდენტო ვადა.2002 წლის საყოველთაო არჩევნებმა ლიბერალებმა და ცენტრისტებმა მოიპოვეს უმრავლესობა და შექმნეს მთავრობა მუშარაფის მხარდაჭერით.პაკისტანის კონსტიტუციის მე-17 შესწორებამ რეტროაქტიულად მოახდინა მუშარაფის ქმედებების ლეგიტიმაცია და გაახანგრძლივა მისი პრეზიდენტობა.შაუკატ აზიზი პრემიერ-მინისტრი გახდა 2004 წელს, ფოკუსირებული იყო ეკონომიკურ ზრდაზე, მაგრამ შეექმნა წინააღმდეგობა სოციალური რეფორმებისთვის.მუშარაფი და აზიზი გადაურჩნენ მკვლელობის რამდენიმე მცდელობას, რომლებიც დაკავშირებულია ალ-ქაიდასთან.საერთაშორისო დონეზე, ბირთვული იარაღის გავრცელების ბრალდებებმა შელახა მათი სანდოობა.საშინაო გამოწვევები მოიცავდა კონფლიქტებს ტომობრივ რაიონებში და ზავი თალიბანთან 2006 წელს, თუმცა სექტანური ძალადობა გაგრძელდა.