პერაკის სასულთნო დაარსდა მე-16 საუკუნის დასაწყისში მდინარე პერაკის ნაპირზე მუზაფარ შაჰ I-ის მიერ, მალაკას მე-8 სულთნის მაჰმუდ შაჰის უფროსი ვაჟის მიერ.1511 წელს პორტუგალიელების მიერ მალაკას დატყვევების შემდეგ, მუზაფარ შაჰმა თავშესაფარი ეძება სიაკში, სუმატრაში, სანამ ტახტზე პერაკში ავიდა.მის დაარსებას პერაკის სასულთნო ხელი შეუწყო ადგილობრივმა ლიდერებმა, მათ შორის ტუნ საბანმა.ახალი სულთანატის პირობებში, პერაკის ადმინისტრაცია უფრო ორგანიზებული გახდა, ემყარება ფეოდალურ სისტემას დემოკრატიულ მალაკაში.მე-16 საუკუნის წინ, პერაკი გახდა კალის მადნის მნიშვნელოვანი წყარო, რომელიც იზიდავდა რეგიონალურ და საერთაშორისო ვაჭრებს.თუმცა, სულთანატის აღზევებამ მიიპყრო აჩეს ძლიერი სულთანატის ყურადღება, რამაც გამოიწვია დაძაბულობისა და ურთიერთქმედების პერიოდი.1570-იანი წლების განმავლობაში აჩე დაჟინებით ავიწროებდა მალაის ნახევარკუნძულის ნაწილებს.1570-იანი წლების ბოლოს, აჩეს გავლენა აშკარა იყო, როდესაც პერაკის სულთანი მანსურ შაჰ I საიდუმლოებით გაუჩინარდა, რამაც გააძლიერა ვარაუდები მისი გატაცების შესახებ აჩენე ძალების მიერ.ამან გამოიწვია სულთნის ოჯახი სუმატრაში ტყვედ წაყვანა.შედეგად, პერაკი მცირე ხნით იმყოფებოდა აჩენეების ბატონობის ქვეშ, როდესაც აჩენე პრინცი ავიდა პერაკის ტახტზე სულთან აჰმად ტაჯუდდინ შაჰის სახელით.მიუხედავად ამისა, აჩეს გავლენის მიუხედავად, პერაკი დარჩა ავტონომიური, წინააღმდეგობა გაუწია კონტროლს როგორც აჩენეების, ისე სიამის მხრიდან.აჩეს ძალაუფლება პერაკზე დაიწყო კლება ჰოლანდიური აღმოსავლეთ ინდოეთის კომპანიის (VOC) ჩამოსვლასთან ერთად მე-17 საუკუნის შუა წლებში.Aceh და VOC იბრძოდნენ კონტროლისთვის პერაკის მომგებიან კალის ვაჭრობაზე.1653 წლისთვის მათ მიაღწიეს კომპრომისს, ხელი მოაწერეს ხელშეკრულებას, რომელიც ჰოლანდიელებს ანიჭებდა ექსკლუზიურ უფლებებს პერაკის კალის შესახებ.მე-17 საუკუნის ბოლოს, ჯოჰორის სულთანატის დაკნინებასთან ერთად, პერაკი გაჩნდა, როგორც მალაკის საგვარეულოს უკანასკნელი მემკვიდრე, მაგრამ მას შეექმნა შიდა კონფლიქტი, მათ შორის მე-18 საუკუნეში 40-წლიანი სამოქალაქო ომი კალის შემოსავლების გამო.ამ არეულობამ კულმინაციას მიაღწია 1747 წელს ჰოლანდიელებთან დადებული ხელშეკრულებით, რომელიც აღიარებდა მათ მონოპოლიას კალის ვაჭრობაზე.