1511 წელს მალაკა დაეცა პორტუგალიელებს და სულთანი მაჰმუდ შაჰი იძულებული გახდა გაქცეულიყო მალაკა.სულთანმა რამდენჯერმე სცადა დედაქალაქის აღება, მაგრამ მისი ძალისხმევა უშედეგო აღმოჩნდა.პორტუგალიელებმა სამაგიერო გადაუხადეს და აიძულეს სულთანი გაქცეულიყო პაჰანგში.მოგვიანებით სულთანი ბინტანში გავიდა და იქ ახალი დედაქალაქი დააარსა.ბაზის დაარსებით, სულთანმა გააერთიანა მალაიზიური ძალები და მოაწყო რამდენიმე თავდასხმა და ბლოკადა პორტუგალიის პოზიციის წინააღმდეგ.დაფუძნებული პეკან ტუაში, სუნგაი თელურში, ჯოჰორში, ჯოჰორის სასულთნო დააარსა რაჯა ალი იბნი სულთანმა მაჰმუდ მელაკამ, რომელიც ცნობილია როგორც სულთან ალაუდდინ რიაათ შაჰ II (1528–1564), 1528 წელს ^{[. 53]} მიუხედავად იმისა, რომ სულთან ალაუდინ რიაათ შაჰმა და მისმა მემკვიდრემ. მოუწიათ ებრძოდნენ პორტუგალიელების თავდასხმებს მალაკაში და აჩენეელების მიერ სუმატრაში, მათ შეძლეს შეენარჩუნებინათ ჯოჰორის სულთანატი.მალაკაზე ხშირმა თავდასხმებმა პორტუგალიელებს მძიმე გაჭირვება გამოიწვია და ამან ხელი შეუწყო პორტუგალიელების დარწმუნებას, გაენადგურებინათ გადასახლებული სულთნის ძალები.არაერთი მცდელობა განხორციელდა მალაიზიის ჩახშობის მიზნით, მაგრამ მხოლოდ 1526 წელს პორტუგალიელებმა საბოლოოდ გაასწორეს ბინტანი მიწასთან.შემდეგ სულთანი უკან დაიხია სუმატრაში, კამპარში და ორი წლის შემდეგ გარდაიცვალა.მან დატოვა ორი ვაჟი, სახელად მუზაფარ შაჰი და ალაუდინ რიაათ შაჰ II.^[53] მუზაფარ შაჰმა განაგრძო პერაკის დაარსება, ხოლო ალაუდდინ რიაათ შაჰი გახდა ჯოჰორის პირველი სულთანი.^[53]